[发明专利]一种检测待测样品中各个微生物物种的基因组DNA拷贝数的方法

权利要求书

1.一种检测待测样品中各个微生物物种的基因组DNA含量m_i的方法，包括步骤(a)、步骤(b)、步骤(c)和步骤(d)：

所述步骤(a)包括如下步骤：

(a-1)根据待测样品的来源获得通常含有的细菌种类，每个细菌种类选择一个具有代表性的细菌菌株作为标准菌株，由各个标准菌株组成标准菌株群；

(a-2)比对标准菌株群中各个标准菌株16s rDNA的序列，获得特异DNA片段；所述特异DNA片段位于各个标准菌株16s rDNA的保守区且与各个标准菌株16s rDNA的匹配区域的同源性在90％以上；

(a-3)混合标准菌株群中各个标准菌株的总DNA，得到标准菌株群总DNA；之后稀释，得到不同浓度的标准菌株群总DNA标准品；

(a-4)将不同浓度的标准菌株群总DNA标准品进行荧光定量PCR，采集相应的Ct值；进行荧光定量PCR的引物的靶标为所述特异DNA片段或所述特异DNA片段的一部分；

(a-5)以标准菌株群总DNA标准品的浓度作为横坐标，相应的Ct值为纵坐标，绘制标准曲线；

所述步骤(b)包括如下步骤：

(b-1)将待测样品的总DNA进行荧光定量PCR，采集Ct值；进行荧光定量PCR的引物的靶标为所述特异DNA片段或所述特异DNA片段的一部分；

(b-2)将步骤(b-1)采集的Ct值代入所述标准曲线，得到待测样品中总细菌基因组DNA的浓度；

(b-3)根据待测样品中总细菌基因组DNA的浓度，获得待测样品中总细菌基因组DNA含量m_bac；

所述步骤(c)：将待测样品的总DNA进行宏基因组二代测序，获得待测样品中含有的微生物物种及其基因组DNA组成比例P_i；

所述步骤(d)：将待测样品中总细菌基因组DNA含量m_bac和待测样品中各个微生物物种的基因组DNA组成比例P_i分别代入式I，得到待测样品中各个微生物物种的基因组DNA含量m_i；

待测样品中发现微生物物种共计n种，n为1以上的自然数；细菌物种标记序号为[1，m]；微生物物种i的基因组DNA组成比例为P_i；

所述方法用于筛选含微生物的样品；

所述微生物为细菌、真菌和/或病毒；

所述方法用于非疾病的诊断与治疗。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述步骤(c)依次包括如下步骤：

(c-1)取待测样品的总DNA，构建宏基因组二代测序文库；

(c-2)取宏基因组二代测序文库，测序，获得测序数据；

(c-3)分析测序数据，获得待测样品中含有的微生物物种及其基因组DNA组成比例P_i。

3.如权利要求1或2所述的方法，其特征在于：所述待测样品为临床样品。

4.如权利要求3所述的方法，其特征在于：

当待测样品为临床样品时，标准菌株群为标准菌株群1；标准菌株群1包括鲍曼不动杆菌、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯氏菌、肺炎链球菌、表皮葡萄球菌、流感嗜血杆菌、Ralstonia insidiosa和/或大肠埃希氏杆菌的菌株中的一种或几种；

当待测样品为支气管肺泡灌洗液时，标准菌株群为标准菌株群2；标准菌株群2包括鲍曼不动杆菌、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯氏菌、肺炎链球菌、大肠埃希氏杆菌和/或流感嗜血杆菌的菌株中的一种或几种。