[发明专利]从粪便中提取DNA样本的方法和结直肠癌相关基因的甲基化检测方法

权利要求书

1.一种从粪便中提取DNA样本的方法，所述DNA样本适用于结直肠癌或结直肠癌前病变相关基因的甲基化检测，其特征在于，其包括：

预处理步骤：离心粪便稀释液样本，得到第一上清液；所述粪便稀释液样本中的粪便取自于需要结直肠癌检测的主体；

离心时，单个离心管中的粪便稀释液样本的体积不高于2mL，优选为0.5-1.8mL，进一步优选为1.8mL。

2.根据权利要求1所述的从粪便中提取DNA样本的方法，其特征在于，离心的参数设置如下：

转速10000-13000rpm，时间10s-5min。

3.根据权利要求1所述的从粪便中提取DNA样本的方法，其特征在于，所述方法还包括：

吸附步骤：将吸附剂与所述第一上清液混匀以去除所述上清液中的杂质，得到第一混合液，对所述第一混合液离心，得到第二上清液；

优选地，所述吸附剂选自交联聚乙烯吡咯烷酮；

优选地，所述交联聚乙烯吡咯烷酮为交联聚乙烯吡咯烷酮粉末或交联聚乙烯吡咯烷酮片剂。

4.根据权利要求3所述的从粪便中提取DNA样本的方法，其特征在于，

所述吸附剂与所述第一上清液的质量体积比为1:(2-4)，优选为1:4。

5.根据权利要求4所述的从粪便中提取DNA样本的方法，其特征在于，所述方法还包括：

核酸变性步骤：对第二上清液进行变性处理以使DNA双链结构形成单链结构；

优选地，所述变性处理的温度85-95℃，时间为5-15min，进一步优选为10min。

6.根据权利要求5所述的从粪便中提取DNA样本的方法，其特征在于，所述方法还包括：

捕获步骤：往所述第二上清液中加入捕获剂，得到第二混合液；其中，所述捕获剂含有偶联有探针的磁珠，所述探针与待提取基因序列的某一段互补。

7.根据权利要求6所述的从粪便中提取DNA样本的方法，其特征在于，

所述捕获剂通过如下方法制得：

将含有磁珠的磁珠液与所述探针的探针液混合，得到磁珠-探针混合液，其体积记为V1，混匀磁珠-探针混合液以使所述探针与磁珠偶联，再将所述磁珠-探针混合液置于磁力架上进行吸附，弃上清后，加入体积为V1的缓冲液重悬磁珠，即得所述捕获剂；

其中，所述磁珠液中的磁珠的浓度为9-11mg/mL，所述探针液中的所述探针的浓度为9-11uM；所述磁珠液的用量满足如下公式：V＝N*M；公式中，V代表所述磁珠液的体积，N代表待提取基因的种类数量，M＝3-7，单位为μL，优选为M＝5；

优选地，所述磁珠液与所述探针液的体积比为1:(1-1.5)，优选为1:1；

优选地，所述磁珠上标记有链霉亲和素，所述探针标记有生物素；

优选地，所述缓冲液含有：200mmol/LTris·HCl和100mmol/LNaCl。

8.根据权利要求6或7所述的从粪便中提取DNA样本的方法，其特征在于，所述方法还包括：

孵育步骤：将所述第二混合液静置孵育40-90min，优选为40min。

9.一种结直肠癌相关基因的甲基化检测方法，该方法以非疾病的诊断为目的，其特征在于，其包括：采用权利要求1-8任一项所述的方法提取得到适用于结直肠癌或结直肠癌前病变相关基因的甲基化检测的DNA样本。

10.根据权利要求9所述的甲基化检测方法，其特征在于，所述结直肠癌相关基因选自：SDC2、TFPI2、VIM、NDRG4、SFRP1、SFRP2、BMP3、MGMT、SPG20和SEPT9。