[发明专利]一种用于检测胃肠道间质瘤相关基因突变的试剂盒

权利要求书

1.一种用于检测胃肠道间质瘤相关基因突变的引物探针组合物，其特征在于：所述胃肠道间质瘤相关基因为C-kit基因和PDGFRA基因，所述引物探针组合物包括引物1-12、荧光探针1-6和锁核酸探针1-6，所述引物1-8、荧光探针1-4和锁核酸探针1-4用于检测C-kit基因突变，所述引物9-12用于检测PDGFRA基因突变，所述引物1-12的碱基序列分别如序列表中SEQ ID NO.1、2、5、6、9、10、13、14、17、18、21、22所示，所述荧光探针1-6的碱基序列分别如序列表中SEQ ID NO.3、7、11、15、19、23所示，所述锁核酸探针1-6的碱基序列分别如序列表中SEQ ID NO.4、8、12、16、20、24所示，各锁核酸探针的3’端均连接有PO4基团。

2.一种用于检测胃肠道间质瘤相关基因突变的试剂盒，其特征在于：包括权利要求1所述的引物探针组合物。

3.如权利要求2所述的用于检测胃肠道间质瘤相关基因突变的试剂盒，其特征在于：应用于荧光定量PCR反应中，反应体系中所述引物探针组合物中各引物浓度为0.3μmol/L，各荧光探针浓度为0.2μmol/L。

4.如权利要求2所述的用于检测胃肠道间质瘤相关基因突变的试剂盒，其特征在于：还包括PCR反应液和测序反应液，所述PCR反应液包括含Mg²⁺的PCR扩增缓冲液、dNTPs和TaqDNA聚合酶，所述测序反应液包括2.5×BigDye和5×BigDye测序缓冲液。

5.如权利要求2所述的用于检测胃肠道间质瘤相关基因突变的试剂盒，其特征在于：还包括PCR产物纯化试剂，所述PCR产物纯化试剂包括3mol/L醋酸钠溶液、无水乙醇和甲酰胺。

6.如权利要求2所述的用于检测胃肠道间质瘤相关基因突变的试剂盒，其特征在于：还包括阴性质控品和阳性质控品，所述阴性质控品为含C-kit和PDGFRA野生型基因片段的重组质粒，所述阳性质控品为含C-kit和PDGFRA突变型基因片段的重组质粒。

7.一种非诊断目的检测胃肠道间质瘤相关基因突变的方法，采用权利要求2-6任一所述的试剂盒，其特征在于，包括以下步骤：

S1、提取样本基因组DNA；

S2、以所述样本基因组DNA为模板，采用所述试剂盒进行荧光定量PCR扩增反应，得到PCR扩增产物；

S3、对所述PCR扩增产物进行纯化，得到纯化的PCR扩增产物；

S4、以所述纯化的PCR扩增产物为模板，进行测序PCR扩增，得到测序PCR扩增产物；

S5、对所述测序PCR扩增产物进行纯化，得到纯化的测序PCR扩增产物；

S6、将所述纯化的测序PCR扩增产物进行测序分析，并分别与C-kit和PDGFRA野生型基因序列进行比对，判定所述样本基因组DNA中C-kit和PDGFRA基因是否发生突变。