[发明专利]一种用于检测胃肠道间质瘤相关基因突变的试剂盒

说明书

本发明公开了一种用于检测胃肠道间质瘤相关基因突变的试剂盒，所述胃肠道间质瘤相关基因包括C‑kit和PDGFRA基因，该试剂盒包括分别用于检测C‑kit基因第9号外显子、第11号外显子、第13号外显子、第17号外显子的引物和荧光探针，分别用于检测PDGFRA第12号外显子和第18号外显子的引物和荧光探针，所述引物和荧光探针可以精准检测C‑kit和PDGFRA基因是否发生突变，同时，该试剂盒中还加入相应特异的锁核酸探针，大大提高了胃肠道间质瘤相关基因突变的检出率。

技术领域

本发明涉及基因检测领域，尤其涉及一种用于检测胃肠道间质瘤相关基因突变的试剂盒。

背景技术

胃肠道间质瘤(Gastrointestinal stromal tumors,GIST)是一类起源于胃肠道间叶组织的肿瘤，占消化道间叶肿瘤的大部分，Mazur等人根据电镜观察和免疫组织化学检测结果，于1983年首次提出了胃肠道间质肿瘤这个概念，大多数GIST患者存在原癌基因C-kit突变。原癌基因C-kit位于人的染色体4q11-12，该C-kit基因包含有21个外显子和20个内含子。C-kit基因的突变可以刺激肿瘤细胞的持续增生和抗凋亡信号的失控。C-kit基因的突变具有多种形式，如碱基对丢失、点突变、偶可见插入性突变。胃肠道间质瘤的C-kit基因的突变率高，且突变部位主要集中在550Lys-256Val氨基酸残基之间，发生在胞外区(外显子9突变约5％-10％)、邻近胞膜区(外显子11突变大约57％-71％)和激酶区(外显子13突变约5％，外显子17突变占5％)。

部分无C-kit基因突变的GIST患者可发现血小板源性生长因子受体(Platelet-derived growth factor receptor，PDGFR)α基因突变。血小板源性生长因子受体是一种单链跨膜蛋白，属III型酪氨酸蛋白激酶家族。最常见的PDGFRA基因突变位点是编码位于第二酪氨酸激酶区活化环的区域(外显子18)，少数突变发生在近膜区(外显子12)，突变引起PDGFRA蛋白的功能改变，通常会导致非配体依赖性的二聚体形成、酪氨酸残基自主磷酸化及下游信号的激活，这种激活导致的最终结果是肿瘤的发生。基因突变的监测在胃肠道间质瘤的诊断治疗过程中势在必行。

现有的检测C-kit和PDGFRA基因突变的方法主要为传统Sanger测序法，但采用传统Sanger测序法检测C-kit基因突变时，其检测灵敏度低，不能准确检测出C-kit和PDGFRA基因是否发生突变，此法不适于临床应用。

发明内容

有鉴于此，本发明提出了一种用于检测胃肠道间质瘤相关基因突变的试剂盒，可用来检测样本组织中C-kit和PDGFRA基因是否发生突变，检测快速、特异性高、灵敏度高。

本发明的技术方案是这样实现的：

第一方面，本发明提供了用于检测胃肠道间质瘤相关基因突变的引物探针组合物，其特征在于：所述胃肠道间质瘤相关基因为C-kit基因和PDGFRA基因，所述引物探针组合物包括引物1-12、荧光探针1-6和锁核酸探针1-6，所述引物1-8、荧光探针1-4和锁核酸探针1-4用于检测C-kit基因突变，所述引物9-12用于检测PDGFRA基因突变，具体如下：

C-kit基因第9号外显子的引物1、2分别如序列表中SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示；

C-kit基因第9号外显子的荧光探针1如序列表中SEQ ID NO.3所示；

C-kit基因第9号外显子的锁核酸探针1如序列表中SEQ ID NO.4所示；

C-kit基因第11号外显子的引物3、4分别如序列表中SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示；

C-kit基因第11号外显子的荧光探针2如序列表中SEQ ID NO.7所示；