[发明专利]水稻耐高温性状的连锁KASP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一组水稻耐高温性状的连锁KASP分子标记及其应用。连锁KASP分子标记为7238、6400、7334；分子标记7238为QTL区间qSSR7‑1的连锁标记，所述分子标记6400、7334为QTL区间qSSR11‑1的连锁标记；分子标记7238、6400、7334分别为第7染色体29287238位碱基上的变异C/T，第11染色体26796400位碱基上的变异A/C，第11染色体26797334位碱基上的变异A/G。本发明连锁KASP分子标记或连锁KASP分子标记引物可应用于水稻耐高温性的改良育种。

技术领域

本发明涉及水稻育种技术领域，尤其涉及一种水稻耐高温性状的连锁KASP分子标记及其应用。

背景技术

水稻是世界上最重要的粮食作物之一，约有一半以上的人口以稻米为主食。高温是水稻生产中的主要胁迫，严重时可以造成水稻产量50％～80％的减产。选育与种植耐高温品种是保障水稻粮食生产安全的有效方法。尽管水稻耐高温性的研究取得了长足的进展，但耐高温性状主要是数量性状，水稻苗期和抽穗期耐高温性状的遗传基础仍不清楚。传统的依靠高温筛选鉴定抗性品种和育种材料的选育方法因为环境和人为因素的影响对表型评价误差较大，需要多年多批次的重复鉴定，需要更大的杂交群体，这极大的增加了育种工作量与成本。而利用耐高温性状QTL定位的连锁标记，从遗传基础上跟踪目标性状，选择含有目标耐高温基因的单株进行杂交(回交)，育种家不但能准确的进行目标性状方向的育种，而且能减小杂交(回交)群体的大小，节省成本。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸变异所引起的DNA序列多态性。它是生物可遗传的变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90％以上。相对于传统的SSR标记、indel标记，SNP标记具有数量多、分布广泛、稳定性高、易于快速且高通量分型的特点，在分子育种领域有着广泛的应用。现阶段，适用于SNP检测的方法主要有凝胶电泳、荧光定量PCR、基因芯片和竞争性等位基因PCR(Kompetitive Allele Specific PCR，KASP)。DNA芯片技术是检测SNP的最常用方法，但该方法的成本较高。KASP(Kompetitive Allele Specific PCR，即竞争性等位基因特异性PCR)技术是基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP进行分型，该技术具有高度的稳定性与准确性。Kasp的基因分型方法是通过计算PCR过程中产生的荧光信号，实现对变异位点的检测，检测结果与表现型一致，检测过程无需电泳，减少了实验操作过程对环境的污染和人体的伤害。相比于DNA芯片技术，利用KASP技术进行SNP检测的成本较低，其成本与检测的SNP位点数呈正相关。因此，基于KASP技术开发SNP标记进行品种鉴定，可大大提高鉴定效率，是具有重要意义的。

发明内容

为了克服现有技术的缺点与不足，本发明的首要目的在于提供一组水稻耐高温性状的连锁KASP分子标记。

本发明的另一目的在于提供上述连锁KASP分子标记的应用。

本发明的目的通过下述技术方案实现：

本发明提供一组水稻耐高温性状的连锁KASP分子标记，连锁KASP分子标记为7238、6400、7334；分子标记7238为QTL区间qSSR7-1的连锁标记，分子标记6400、7334为QTL区间qSSR11-1的连锁标记；

分子标记7238为第7染色体29287238位碱基上的变异C/T，分子标记6400为第11染色体26796400位碱基上的变异A/C，分子标记7334为第11染色体26797334位碱基上的变异A/G。

用于扩增上述连锁KASP分子标记7238、6400、7334的引物，分子标记6400的连锁KASP分子标记的引物序列如SEQ ID No.1、SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示；