[发明专利]一种基于DNA甲基化的罗氏沼虾“铁壳虾”检测方法及其检测流程

说明书

本发明公开了一种基于DNA甲基化的罗氏沼虾“铁壳虾”检测方法及其检测流程，属于罗氏沼虾养殖领域。所述方法包含DNA甲基化位点及每个位点在检测效率中的权重，其中DNA甲基化位点共5个，位点信息如下：A（1‑59），B（1‑214），C（2‑302），D（3‑221），E（4‑417），5个位点权重分别为：0.3，0.3，0.2，0.1，0.1。本发明还公开了上述方法的检测技术流程。利用本发明，可以在罗氏沼虾幼苗期间检测“铁壳虾”发生的概率，有效避免因“铁壳虾”导致的生产损失。该方法简单方便，易于操作，有利于罗氏沼虾产业的健康可持续发展。

技术领域

本发明属于罗氏沼虾养殖领域，具体地涉及一种罗氏沼虾“铁壳虾”检测方法，即一种基于DNA甲基化的罗氏沼虾“铁壳虾”检测方法及其检测流程。

背景技术

罗氏沼虾是我国重要淡水养殖虾种，近年来出现生长阻滞现象，相同密度相同饲养条件下，生长阻滞个体平均体重远小于正常生长个体，渔民称之为“铁壳虾”，近年来“铁壳虾”现象平均发生率高达三成以上，严重影响经济效益。“铁壳虾”生长缓慢的现象在苗种繁育及大棚培育期间并不明显，通常在大塘养殖一个多月后，生长缓慢症状相继出现，主要表现为生长明显变慢，虾壳变硬，雌虾5公分、雄虾6公分左右性腺发育成熟，雌虾抱卵、雄虾长出巨大的蓝色大鳌，此后生长极为缓慢，上市季节产量不及正常养殖池塘的一半，严重影响渔民收益，阻碍了罗氏沼虾养殖业的健康发展。

由于长期以来缺乏罗氏沼虾“铁壳虾”的判断和检测方法，渔民在购买虾苗时无法判断后期出现“铁壳虾”的概率，增大了养殖风险，因此开发一种罗氏沼虾“铁壳虾”的检测方法迫在眉睫。DNA甲基化是指在DNA复制后，甲基转移酶(甲基化酶)催化将S-腺苷-甲硫氨酸(S-Adomet,SAM)上的甲基基团连接到DNA分子腺嘌呤(A)或胞嘧啶(C)碱基上，进行DNA修饰的过程，是一种常见的表观遗传修饰。DNA甲基化在基因表达、生长发育等过程中发挥重要作用，可影响生物表型变化。在高等动物中，已经发现DNA甲基化位点的改变可影响个体生长速度，在罗氏沼虾中也已发现，“铁壳虾”DNA甲基化比例显著高于正常生长个体，因此本发明提供一种基于DNA甲基化的罗氏沼虾“铁壳虾”检测方法，辅助渔民在购买虾苗时对其进行质量检测，规避“铁壳虾”风险，提高养殖收益，同时有利于罗氏沼虾养殖业的健康可持续发展。

发明内容

本发明要解决的技术问题是针对长期以来缺乏的罗氏沼虾“铁壳虾”的检测方法，提出一种基于DNA甲基化的、用于检测虾苗发展成为“铁壳虾”概率的检测方法，即一种基于DNA甲基化的罗氏沼虾“铁壳虾”检测方法及其检测流程。

为了解决上述技术问题，完成本发明的目的，本发明一方面提供一种基于DNA甲基化的罗氏沼虾“铁壳虾”检测方法，其特征在于，所述方法包含5个DNA甲基化位点：A(1-59)，B(1-214)，C(2-302)，D(3-221)，E(4-417)。

进一步的，所述5个位点A，B，C，D，E分别由引物1，引物1，引物2，引物3，引物4这4对引物扩增获得。

进一步的，4对引物信息如下：

引物1：F-GACTGCGTACCAATTCACT，R-GATGAGTCTAGAACGGTCA；

引物2：F-GACTGCGTACCAATTCACT，R-GATGAGTCTAGAACGGTAG；

引物3：F-GACTGCGTACCAATTCACT，R-GATGAGTCTAGAACGGTGT；

引物4：F-GACTGCGTACCAATTCATC，R-GATGAGTCTAGAACGGTGT。

进一步的，所述5个位点A，B，C，D，E的权重分别为：0.3，0.3，0.2，0.1，0.1。

进一步的，每个个体在每个位点出现甲基化记为1，不出现甲基化记为0，5个位点加权计算后，数值大于0.5则判断为“铁壳虾”。