[发明专利]乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群及诊断产品和应用

说明书

本发明公开了乳腺癌亚型分型及评估远处转移风险基因群及其体外诊断产品和应用。

本申请要求2018年9月30日提交的，题为“乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群及诊断产品和应用”的第201811166148.7号中国专利申请的优先权，该申请的内容整体援引加入本文。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及乳腺癌亚型分型及评估远处转移风险基因群及其体外诊断产品和应用。

背景技术

乳腺癌占我国妇女恶性肿瘤发病的第一位，并以每年4％左右的速度逐年增加。乳腺癌是高度异质性的肿瘤，其病理分子机制非常复杂，往往涉及多种类型的体细胞中多个基因的突变。根据肿瘤的病理特征进行乳腺癌分型，提高乳腺癌的临床诊断和预后预测的准确度，是乳腺癌手术后精准治疗的基础，也是提高乳腺癌患者生存率的关键。目前国内外对于手术后的乳腺癌的精准治疗仍面临很大挑战。对于术后后继治疗的患者，如何选择具有针对性的治疗方案，提高治疗效率，需要新的技术手段来帮助医生和病人进行准确的判断。如何对乳腺癌患者进行精确分类，进而指导临床进行有效治疗，并同时避免无效或有害治疗是本发明的主要目标。

当前国际上公认的基于肿瘤基因表达的乳腺癌分子分型产品为北卡罗来纳大学Perou教授与NanoString公司合作共同开发的PAM50(Prosigna)，其已得到美国FDA批准。PAM50通过检测55个基因表达水平，将乳腺癌分为4种亚型，管腔A型(Luminal A，简称LumA)、管腔B型(Luminal B，简称Lum B)、HER2富集型(HER2-enriched，简称HER2)及基底细胞型(Basal-like，简称Basal)，并根据亚型及肿瘤增殖指数评估乳腺癌10年内远处转移的危险性。

发明内容

在一方面，本发明涉及一组基因群，其包括66个分子分型及远处转移风险评估相关基因，以及该基因群在乳腺癌分子诊断中的应用。所述基因群可以用于乳腺癌分子分型和/或评估其远处转移风险。

所述66个分子分型及远处转移风险评估相关基因包括：

(1)增殖相关基因ASPM、AURKA、BIRC5、CCNB1、CDC20、CDK1、CENPU、CEP55、MELK、MKI67、NEK2、PRC1、PTTG1、RRM2、TOP2A、TPX2、TYMS、UBE2C和ZWINT，

(2)免疫相关基因APOBEC3G、CCL5、CCR2、CD2、CD3D、CD52、CD53、CORO1A、CXCL9、GZMA、GZMK、HLA-DMA、HLA-DQA1、IL2RG、LCK、LYZ和PTPRC，

(3)基底细胞相关基因ACTR3B、CDH3、EGFR、FOXC1、KRT14、KRT17、KRT5、MIA、MYC、PHGDH和SFRP1，

(4)雌激素受体相关基因BAG1、BCL2、BLVRA、CD68、ESR1、FOXA1、GSTM1、MAPT、MDM2、MLPH、NAT1、PGR、SCUBE2和SLC39A6，

(5)HER2相关基因ERBB2、FGFR4和GRB7，

(6)侵袭相关基因CTSL2和MMP11。

在一实施方案中，所述基因群还包括看家基因。优选地，看家基因包括以下中的至少1个(例如1、2、3、4、5或6个)、优选至少3个、最优选全部6个：GAPDH、GUSB、MRPL19、PSMC4、SF3A1和TFRC。

在一具体的方面，本发明涉及一种用于乳腺癌分子分型和/或评估其远处转移风险的基因群(在本文中又称为为普瑞泰(Precitype))，其包括72个基因，即66个分子分型及远处转移风险评估相关基因以及6个看家基因，其中

所述66个分子分型及远处转移风险评估相关基因包括：