[发明专利]用于解卷积分区条码的方法和组合物

权利要求书

1.一种检测分区中多个条码存在与否的方法，所述方法包括：

形成分区，所述分区包含：

正向引物，其包含条码和捕获序列，所述捕获序列与以下互补：靶核酸的3′序列，或其反向互补序列，其中不同分区包含具有不同条码序列的不同正向引物，

分区ID标签寡核苷酸，其包含可变分区ID标签序列和所述捕获序列的反向互补序列；

在所述分区中，使至少一个正向引物与所述分区ID标签寡核苷酸杂交以形成杂交产物；

对所述杂交产物进行扩增以形成扩增子，其中至少一些扩增子由正向引物和所述分区ID标签寡核苷酸形成；和

对所述扩增子进行测序，其中如果不同的正向引物与相同可变分区ID标签序列形成扩增子，那么认为所述不同的正向引物来自同一分区，其中

所述正向引物和所述分区ID标签寡核苷酸在递送至所述分区时与同一底物连接；或

所述分区ID标签寡核苷酸具有封端3′端，从而使聚合酶在扩增期间无法延伸所述封端3′端；或

所述分区ID标签寡核苷酸包含双链可变分区ID标签序列和一个或两个单链3′端，所述单链3′端包含所述捕获序列的反向互补序列。

2.如权利要求1所述的方法，其中，至少一些分区包含靶核酸。

3.如权利要求1所述的方法，其中，所述正向引物、分区ID标签寡核苷酸或两者还包含通用衔接子序列。

4.如权利要求2所述的方法，其中，所述扩增还使用正向引物和靶反向引物扩增靶核酸以形成扩增产物，并且所述测序包括对所述扩增产物进行测序。

5.如权利要求1所述的方法，其中，所述扩增包括使用所述分区ID标签寡核苷酸作为模板用聚合酶延伸所述正向引物以形成扩增子，其包含所述分区ID标签寡核苷酸的反向互补序列和所述正向引物。

6.如权利要求1所述的方法，其中，在所述分区形成步骤中，所述正向引物连接珠。

7.如权利要求6所述的方法，其中，分区ID标签寡核苷酸的多个拷贝彼此连接。

8.如权利要求7所述的方法，其中，所述多个拷贝通过珠彼此连接。

9.如权利要求7所述的方法，其中，在分区形成期间，所述正向引物和所述分区ID标签寡核苷酸通过可切割接头彼此连接，并且所述方法还包括在所述扩增之前切割所述可切割接头。

10.如权利要求7所述的方法，其中，相较于连接所述珠的分区ID标签寡核苷酸，所述珠包含至少10(例如，100、1000、10000)倍数量的正向引物。

11.如权利要求6-10中任一项所述的方法，其中，在所述扩增之前由所述珠切割引物。

12.如权利要求1所述的方法，其中，所述分区ID标签寡核苷酸是单链的。

13.如权利要求1所述的方法，其中，所述可变分区ID标签序列是双链的。

14.如权利要求13所述的方法，其中，所述双链可变分区ID标签序列各条链的3′端与所述捕获序列的互补序列连接。

15.如权利要求1-14中任一项所述的方法，其中，在所述分区形成步骤期间，所述分区ID标签寡核苷酸与固体支持物连接。

16.如权利要求1-15中任一项所述的方法，其中，所述分区ID标签寡核苷酸具有封端3′端，从而使聚合酶在扩增期间无法延伸所述封端3′端。

17.如权利要求1-16中任一项所述的方法，其中，所述分区ID标签寡核苷酸包含亲和标签。