[发明专利]作为肿瘤免疫应答的生物标志物的重复RNA

权利要求书

1.一种在受试者中治疗受试者的癌症的方法，所述方法包括：

提供包含来自所述癌症的细胞的样品；

检测所述细胞中的重复RNA(例如HSATII、LINE-1、HERV-K、HERV-H)的水平；

将所述样品中重复RNA的水平与参考水平进行比较；和

对具有所述重复RNA的水平高于所述参考水平的癌症的受试者选择并任选地施用包含以下一项或两项的治疗：(i)降低细胞中重复RNA的输出水平或增加细胞中重复RNA的水平的治疗，或(ii)降低肿瘤保护性免疫抑制的免疫疗法。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述降低细胞中重复RNA的输出水平或增加细胞中重复RNA的水平的治疗是抑制性核酸靶向重复RNA，所述抑制性核酸靶向重复RNA优选选自由以下组成的组：锁核酸(LNA)分子、短发夹RNA(shRNA)分子、小抑制RNA(siRNA)分子、反义核酸分子、肽核酸分子和吗啉代的。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述细胞中重复RNA的输出水平或增加细胞中重复RNA的水平的治疗是逆转录酶抑制剂(RTI)，所述逆转录酶抑制剂选自由以下组成的组：核苷类似物逆转录酶抑制剂、核苷酸类似物逆转录酶抑制剂、非核苷逆转录酶抑制剂、及其组合。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述核苷类似物逆转录酶抑制剂包括拉米夫定、阿巴卡韦、齐多夫定、恩曲他滨、去羟肌苷、司他夫定、恩替卡韦、阿立他滨、森萨夫定、扎西他滨、右艾夫他滨、氨多索韦、依夫他滨、费替那韦、拉西韦、斯坦匹丁、或其组合。

5.根据权利要求3所述的方法，其中所述非核苷逆转录酶抑制剂包括莱西韦林、利比韦林、依非韦伦、依曲韦林、多拉维林、达匹韦林、或其组合；或其中所述核苷酸类似物逆转录酶抑制剂包括富马酸替诺福韦艾拉酚胺、富马酸替诺福韦二吡呋酯、阿德福韦、或其组合。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述降低细胞中重复RNA的输出水平或增加细胞中重复RNA的水平的治疗包括胞苷类似物或鸟苷类似物。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述降低细胞中重复RNA的输出水平或增加细胞中重复RNA的水平的治疗包括HDAC抑制剂；BET抑制剂；或DNA低甲基化剂。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述DNA低甲基化剂是氮杂胞苷、地西他滨、克拉屈滨、或其组合；所述HDAC抑制剂是辛二酰苯胺异羟肟酸(SAHA/伏立诺他/容立莎)、曲古抑菌素A(TSA)、PXD-101、酯肽、MS-275、MGCD0103、丙戊酸、或苯基丁酸钠，或所述BET抑制剂为(+)-JQ1、I-BET762、OTX015、I-BET151、CPI203、PFI-1、MS436、CPI-0610、RVX2135、FT-1101、BAY1238097、INCB054329、TEN-010、GSK2820151、ZEN003694、BAY-299、BMS-986158、ABBV-075、GS-5829、或PLX51107。

9.根据权利要求1所述的方法，其包括在足以将重复水平降低到低于随后的参考水平的时间内施用包含以下一项或两项的治疗：(i)降低细胞中重复RNA的输出水平或增加细胞中重复RNA的水平的治疗，或(ii)降低肿瘤保护性免疫抑制的免疫疗法，然后对所述受试者施用包含增强抗肿瘤免疫的免疫疗法的治疗，其中起始和随后的参考水平可以相同或不同。

10.根据权利要求9所述的方法，其中所述增强抗肿瘤免疫的免疫疗法包括选自由以下组成的组的免疫治疗剂：抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗CD137抗体、抗CTLA4抗体、抗CD40抗体、抗IL10抗体、抗TGF-β抗体、和抗IL-6抗体。

11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中施用治疗导致受试者的肿瘤负荷减少。