[发明专利]选择和监测治疗功效的指示物噬菌体及其使用方法

权利要求书

1.一种重组噬菌体，其包含插入到噬菌体基因组的晚期基因区域中的指示基因。

2.权利要求1所述的重组噬菌体，其中所述重组噬菌体特异性感染葡萄球菌属(Staphylococcus)。

3.权利要求2所述的重组噬菌体，其中所述葡萄球菌属是金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。

4.权利要求3所述的重组噬菌体，其中所述金黄色葡萄球菌是耐甲氧西林的。

5.权利要求1所述的重组噬菌体，其中所述指示基因是密码子优化的并且编码产生内在信号的可溶性蛋白质产物或在与底物反应时产生信号的可溶性酶。

6.权利要求5所述的重组噬菌体，其进一步包含在密码子优化的指示基因上游的非翻译区，其中所述非翻译区包含噬菌体晚期基因启动子和核糖体进入位点。

7.一种混合物组合物，其包含至少两种不同类型的重组噬菌体，其中所述重组噬菌体中的至少一种包含根据权利要求1所述的指示基因。

8.一种制备重组指示物噬菌体的方法，其包括：

选择特异性感染靶病原菌的野生型噬菌体；

制备包含指示基因的同源重组质粒/载体；

将所述同源重组质粒/载体转化到靶病原菌；

用选择的野生型噬菌体感染转化的靶病原菌，从而使所述质粒/载体和所述噬菌体基因组之间发生同源重组；和

分离重组噬菌体的特定克隆。

9.权利要求8所述的方法，其中制备同源重组质粒/载体包括：

确定选择的噬菌体的基因组的晚期区域中的天然核苷酸序列；

注释所述基因组并鉴定所述选择的噬菌体的主要衣壳蛋白基因；

设计用于所述主要衣壳蛋白基因下游的同源重组的序列，其中所述序列包含密码子优化的指示基因；和

将设计用于同源重组的所述序列掺入质粒/载体中。

10.权利要求9所述的方法，其中设计序列进一步包括在所述密码子优化的指示基因的上游插入非翻译区，所述非翻译区包含噬菌体晚期基因启动子和核糖体进入位点。

11.权利要求8所述的方法，其中所述同源重组质粒包含在所述密码子优化的指示基因上游的非翻译区，所述非翻译区包含噬菌体晚期基因启动子和核糖体进入位点。

12.权利要求8所述的方法，其中所述野生型噬菌体是葡萄球菌属特异性噬菌体并且所述靶病原菌是葡萄球菌属。

13.权利要求12所述的方法，其中所述葡萄球菌属是金黄色葡萄球菌。

14.权利要求13所述的方法，其中所述金黄色葡萄球菌是耐甲氧西林的(MRSA)。

15.权利要求8所述的方法，其中分离重组噬菌体的特定克隆包括用于分离证明指示基因表达的克隆的有限稀释测定法。

16.一种用于检测样品中的葡萄球菌属的方法，其包括：

将所述样品与衍生自葡萄球菌属特异性噬菌体的重组噬菌体孵育，所述重组噬菌体包含插入到噬菌体基因组的晚期基因区域中的指示基因；和

检测由所述重组噬菌体产生的指示蛋白产物，其中所述指示蛋白产物的阳性检测指示葡萄球菌属存在于所述样品中。

17.权利要求16所述的方法，其中所述葡萄球菌属是金黄色葡萄球菌。

18.权利要求17所述的方法，其中所述金黄色葡萄球菌是耐甲氧西林的。