[发明专利]组织特异性的甲基化标志物

权利要求书

1.一种确定患有第一组织癌症的生物体是否患有位于第二组织的癌症的方法，所述方法包括：

(a)从患有第一组织癌症的所述生物体的第一生物样品获得游离DNA分子；

(b)对所述游离DNA分子进行测定，以确定在所述游离DNA分子中靶序列的第一甲基化状态，其中所述靶序列的所述第一甲基化状态表明包括所述靶序列的游离DNA分子来自所述生物体的第二组织，其中所述第一组织和所述第二组织是不同的；

(c)从包括具有所述第一甲基化状态的所述靶序列的所述第一生物样品确定游离DNA分子的绝对量；以及

(d)根据所述绝对量确定所述生物体是否患有位于所述第二组织的癌症。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述甲基化状态包括甲基化水平。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述测定包括从所述第一生物样品中分离包括所述靶序列的所述游离DNA分子。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述测定包括在油乳剂中分离包括所述靶序列的所述游离DNA分子。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述测定包括将包括所述靶序列的所述游离DNA分子与探针杂交。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述探针与所述靶序列杂交。

7.根据权利要求6所述的方法，其中所述探针与所述靶序列的杂交亲和力取决于所述第一生物样品中所述靶序列的所述第一甲基化状态。

8.根据权利要求7所述的方法，其中当所述靶序列的甲基化位点在所述第一生物样品中被甲基化时，所述探针与所述靶序列杂交。

9.根据权利要求7所述的方法，其中当所述靶序列的甲基化位点在所述第一生物样品中未被甲基化时，所述探针与所述靶序列杂交。

10.根据权利要求5-9中任一项所述的方法，其中所述测定包括检测所述探针与所述靶序列的所述杂交。

11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述测定包括扩增所述游离DNA分子。

12.根据权利要求11所述的方法，其中所述扩增包括使用一对引物。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述一对引物中的至少一个引物与所述靶序列的杂交亲和力取决于所述靶序列的所述第一甲基化状态。

14.根据权利要求13所述的方法，其中当所述靶序列的甲基化位点在所述第一生物样品中被甲基化时，所述一对引物中的所述至少一个引物与所述靶序列杂交。

15.根据权利要求13所述的方法，其中当所述靶序列的甲基化位点在所述第一生物样品中未被甲基化时，所述一对引物中的所述至少一个引物与所述靶序列杂交。

16.根据权利要求1-15中任一项所述的方法，其中所述测定包括将所述游离DNA分子中的非甲基化的胞嘧啶残基经亚硫酸氢盐转化为尿嘧啶。

17.根据权利要求1-16中任一项所述的方法，其中所述测定包括对来自所述第一生物样品的游离DNA分子进行甲基化感知测序。

18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述靶序列包括至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个、至少8个、至少9个或至少10个甲基化位点。

19.根据权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述靶序列包括至少5个甲基化位点。