[发明专利]组织特异性的甲基化标志物

说明书

本文提供了包括用于识别游离核酸(例如，游离DNA分子)的起源组织的组织特异性标志物的组合物。本文还提供了通过确定包括组织特异性标志物的游离核酸的绝对量，识别游离核酸起源组织的方法、组合物和系统。本文还提供了通过分析组织特异性标志物来检测生物体组织中癌症的方法、组合物和系统。

交叉引用

本申请要求于2018年3月15日提交的美国临时申请号62/643,649，以及于2018年11月20日提交的美国临时申请号62/769,928的权益，其各自通过引用整体并入本文。

背景技术

从不同组织到循环DNA的DNA定量测量可以潜在地提供有关许多不同病理状况的存在的重要信息。然而，涉及全基因组亚硫酸氢盐测序的现有的方法是相对昂贵的，并且可能对分析带来挑战。用于测量来自不同组织的DNA的更具成本效益的方法将是有用的。

来自癌细胞的循环游离DNA的检测，通常称为液体活检，越来越多地用于癌症患者的管理。例如，血浆中表皮生长因子受者(EGFR)突变的检测可以与肿瘤组织中的突变状态很好地关联，并且可以预测对EGFR酪氨酸激酶抑制剂的反应性。除点突变外，其他与癌症相关的遗传和基因组改变，包括拷贝数改变和裂解方式改变，也可以在癌症患者的游离血浆中检测到。与未进行筛查的患者相比，通过筛查血浆DNA识别的患者可能具有明显的早期阶段分布和更优异的无进展生存期。

发明内容

本公开内容的一个方面提供了一种确定患有第一组织癌症的生物体是否患有位于第二组织的癌症的方法，所述方法包括：(a)从患有第一组织癌症的所述生物体的第一生物样品获得游离DNA分子；(b)对所述游离DNA分子进行测定，以确定在所述游离DNA分子中靶序列的第一甲基化状态，其中所述靶序列的所述第一甲基化状态表明包括所述靶序列的游离DNA分子来自所述生物体的第二组织，其中所述第一组织和所述第二组织是不同的；(c)从包括具有所述第一甲基化状态的所述靶序列的所述第一生物样品确定游离DNA分子的绝对量；以及(d)根据所述绝对量确定所述生物体是否患有位于所述第二组织的癌症。

在一些情况下，所述甲基化状态包括甲基化水平。在一些情况下，所述测定包括从所述第一生物样品中分离包括所述靶序列的所述游离DNA分子。在一些情况下，所述测定包括在油乳剂中分离包括所述靶序列的所述游离DNA分子。在一些情况下，所述测定包括将包括所述靶序列的所述游离DNA分子与探针杂交。在一些情况下，所述探针与所述靶序列杂交。在一些情况下，所述探针与所述靶序列的杂交亲和力取决于所述第一生物样品中所述靶序列的所述第一甲基化状态。在一些情况下，当所述靶序列的甲基化位点在所述第一生物样品中被甲基化时，所述探针与所述靶序列杂交。在一些情况下，当所述靶序列的甲基化位点在所述第一生物样品中未被甲基化时，所述探针与所述靶序列杂交。在一些情况下，所述测定包括检测所述探针与所述靶序列的所述杂交。

在一些情况下，所述测定包括扩增所述游离DNA分子。在一些情况下，所述扩增包括使用一对引物。在一些情况下，所述一对引物中的至少一个引物与所述靶序列的杂交亲和力取决于所述靶序列的所述第一甲基化状态。在一些情况下，当所述靶序列的甲基化位点在所述第一生物样品中被甲基化时，所述一对引物中的所述至少一个引物与所述靶序列杂交。在一些情况下，当所述靶序列的甲基化位点在所述第一生物样品中未被甲基化时，所述一对引物中的所述至少一个引物与所述靶序列杂交。在一些情况下，所述测定包括将所述游离DNA分子中的非甲基化的胞嘧啶残基经亚硫酸氢盐转化为尿嘧啶。在一些情况下，所述测定包括对来自所述第一生物样品的游离DNA分子进行甲基化感知测序。