[发明专利]化学平台辅助邻近捕获（CAP-C）

说明书

某些实施方案涉及用于捕获物理邻近元件的组合物和方法。在某些方面，所述方法包括(a)使靶标与包含可活化的交联部分的官能化支架或捕获剂接触以形成靶标/支架混合物；(b)将靶标/支架混合物暴露于活化因子以活化树状高分子的交联部分并形成交联的靶标/支架复合物；(c)分离靶标/支架复合物；和(d)识别与支架交联的靶标的部分。

相关申请的交叉引用

本申请要求享有2018年5月8日提交的美国临时专利申请第62/668543 号和2018年5月9日提交的美国临时专利申请第62/668994号的优先权，其全部内容通过引用整体并入本文。

关于联邦政府资助研究的声明

本发明是在美国国立卫生研究院授权的R35GM124998、U54CA193419和P01NS097206的政府支持下完成的。政府拥有本发明的一定权利。

背景技术

A.技术领域

本发明总体上涉及生物化学和分子生物学领域。特别地，该组合物和方法涉及用于捕获在相同物理邻近度中的各种分子的全部或部分的方法和组合物 (邻近捕获)。

B.背景技术

染色质是通过当前捕获方法所靶向的生物复合物的一个实例。在真核生物中，DNA以紧密无节的染色体形式存在于细胞核中。染色体在细胞核中的组织方式可能影响转录、DNA复制和其他核过程(Sexton等人，Cell 160：1049-59， 2015；Pombo and Dillon，Nat.Rev.Mol.Cell Biol.16：245-57，2015)。染色体构象捕获(3C)方法(例如3C及其高通量派生法(Hi-C))(Dekker等人，Science 295， 1306-11，2002；Zhao等人，Nat.Genet.38，1341-47，2006；Dostie等人，Genome research 16，1299-1309，2006；Lieberman-Aiden等人，Science 326，289-93，2009) 已被广泛用于研究不同物种和细胞类型中的染色质组织。这些方法及其变体采用甲醛介导的交联，然后进行原位酶消化和邻近连接，以推断基因组基因座之间的空间关系。它们有助于阐明染色质折叠的原理。使用这些技术的研究已证实存在多层基因组组织，例如染色体区域、区室(Lieberman-Aiden等人，Science 326，289-93，2009)、拓扑关联结构域(TAD)(Dixon等人，Nature 485，376-80， 2012)、亚TAD(Phillips-Cremins等人，Cell 153，1281-95，2013)、绝缘区(Dowen 等人，Cell 159，374-87，2014)和染色质环(Rao等人，Cell 159，1665-80，2014)。