[发明专利]DNA的标记

权利要求书

1.一种在靶序列处标记DNA的方法，所述方法包括：

将包含第一靶序列的DNA与下述组分相接触：

第一dCas蛋白；和

第一标记的向导RNA(gRNA)，其包含第一crRNA和包含第一标记物的第一tracrRNA，其中所述第一crRNA与所述第一靶序列或其部分互补；

将所述第一DNA、第一dCas蛋白和第一标记的gRNA温育，从而使所述第一dCas蛋白、DNA和第一标记的gRNA形成复合体，其中所述第一crRNA与所述第一靶序列或其部分杂交，

由此在所述第一靶序列处标记所述DNA，以形成标记的DNA。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述DNA包含第二靶序列，并且所述方法还包括：

将所述DNA与下述组分相接触：

第二dCas蛋白；和

第二标记的gRNA，其包含第二crRNA和包含不同于所述第一标记物的第二标记物的第二tracrRNA，其中所述第二crRNA与第二靶序列或其部分互补；并且

将所述DNA与所述第二dCas蛋白、第二标记的gRNA温育，其中所述第二dCas蛋白、DNA和第二标记的gRNA形成第二复合体，其中所述第二crRNA与所述第二靶序列或其部分杂交，

由此在所述第二靶序列处用所述第二标记物标记所述DNA。

3.根据权利要求2所述的方法，其中将所述DNA与所述第一标记的gRNA和第二标记的gRNA同时相接触，并且其中将所述DNA与所述第一dCas蛋白、第二dCas蛋白、第一标记的gRNA和第二标记的gRNA同时温育。

4.根据权利要求1-3中的任一项所述的方法，其中所述DNA在整个所述方法中保持完整。

5.根据权利要求1-4中的任一项所述的方法，其中所述第一靶序列和第二靶序列中的至少一者在包含多个不适合于酶促基序标记的重复序列或结构变体的区域中。

6.根据权利要求1-5中的任一项所述的方法，其中所述第一靶序列和第二靶序列中的至少一者在据预测在切口平移标记后形成或易于形成脆性位点的区域中。

7.根据权利要求1-6中的任一项所述的方法，其中所述第一靶序列和第二靶序列中的至少一者由在切口标记后不包含分布不均匀的标记物的基因组区域构成。

8.根据权利要求1-7中的任一项所述的方法，其还包括将所述第一靶序列、第二靶序列或两者选择成在包含多个不适合于酶促基序标记的重复序列或结构变体的区域中。

9.根据权利要求5或8所述的方法，其中所述酶促基序标记是切口酶标记。

10.根据权利要求1-9中的任一项所述的方法，其中将所述第一靶序列和第二靶序列中的至少一者选择成在据预测在切口平移标记后形成脆性位点的区域中。

11.根据权利要求1-10中的任一项所述的方法，其中所述第一靶序列和第二靶序列中的至少一者由重复的序列构成。

12.根据权利要求1-11中的任一项所述的方法，其中所述标记的DNA在流体纳米通道中线性化后保持完整。

13.根据权利要求1-12中的任一项所述的方法，其还包括将所述标记的DNA在流体纳米通道中线性化，其中所述DNA在所述线性化后保持完整。

14.根据权利要求13所述的方法，其还包括在所述流体纳米通道中检测所述线性化的DNA上所述第一标记物与第二标记物之间的相对距离。

15.根据权利要求12-14中的任一项所述的方法，其中所述流体纳米通道具有至少10nm的长度和小于1000nm的横截面直径。