[发明专利]DNA的标记

说明书

本文中描述了标记DNA分子的方法，所述方法包括使用一种或多种dCas蛋白和一种或多种标记的向导RNA(gRNA)。在某些实施方式中，将所述标记的DNA分子在可以对它们进行分析的流体纳米通道中拉伸。

相关申请

本申请要求2018年6月25日提交的美国临时专利申请系列号62/689,650和2018年7月11日提交的美国临时专利申请系列号62/696,696在35 U.S.C.§119(e)下的利益，这些相关申请的内容为所有目的整体通过参考并入本文。

序列表引用

本申请与电子格式的序列表一起提交。所述序列表作为名为“Sequence_Listing_BNGEN_049WO.txt”的文件提供，所述文件在2019年6月23日生成，大小为1千字节。所述序列表的电子格式中的信息整体通过参考并入本文。

技术领域

本文中的实施方式总的来说涉及DNA分子的标记例如基因组标记，用于纳米通道中的线性化DNA的分析。

背景技术

流体纳米通道中的基因组作图是一种能够在下一代测序(NGS)的检测范围之外的兆碱基长度的DNA分子中寻找基因组结构变异(SV)的鲁棒技术。这些在流体通道中的基因组作图技术例如切口标记物修复染色化学(NLRS)或使用直接标记物的直接标记(非破坏性)和染色化学(DLS)(两者均来自于Bionano Genomics,San Diego,CA)，能够为包括30GbpAxolotl基因组在内的大且复杂的植物和动物基因组产生结构准确的基因组组装体。

源自于酿脓链球菌(Streptococcus pyogenes)的II型簇状规则间隔短回文重复序列(CRISPR)-CRISPR相关半胱天冬酶9(Cas9)系统，由于其靶序列可定制性以及高的结合和酶促效率，已变成用于靶向基因组编辑的革命性工具。为了实现位点特异性DNA识别和切割，Cas9蛋白与CRISPR RNA(crRNA)和与所述crRNA部分互补的反式激活crRNA(tracrRNA)的双链体形成核糖核蛋白(RNP)复合体。所述Cas9的HNH和RuvC样核酸酶结构域切割两条DNA链，在由结合的crRNA转录本内大约20个核苷酸的种子序列所定义的位点处产生双链断裂(DSB)。

发明内容