[发明专利]来自单个生物样品的蛋白质、核糖体和无细胞核酸的同时基于测序的分析

权利要求书

1.一种改进的邻近延伸测定法，其通过提供多种探针对来鉴定生物样品中的多种蛋白质分析物，每种探针对包含第一邻近探针和第二邻近探针，其中每种探针对靶向特定蛋白质分析物，并且在相应的蛋白质分析物的存在下在每种探针对的探针之间产生双链DNA(dsDNA)片段，所述改进包括：

(a)将用作蛋白质标识符条形码的蛋白质特异性核酸序列掺入所述dsDNA片段中，从而形成蛋白质条形码化的dsDNA模板分子；

(b)对所述蛋白质条形码化的dsDNA模板分子进行扩增和测序；和

(c)从步骤(b)中产生的序列读取中观察到的所述蛋白质标识符条形码中鉴定所述生物样品中的蛋白质分析物。

2.根据权利要求1所述的改进的邻近延伸测定法，其中每个蛋白质特异性核酸序列包含在衔接子内，并且步骤(a)包括将所述衔接子与所述dsDNA片段末端连接。

3.根据权利要求1所述的改进的邻近测定法，其中步骤(a)还包括将包含5hmC残基的捕获序列掺入所述dsDNA片段中，从而形成包含所述捕获序列的蛋白质条形码化的dsDNA模板分子。

4.根据权利要求3所述的改进的邻近延伸测定法，其中所述捕获序列和所述蛋白质标识符条形码包含在至少一个与所述dsDNA片段末端连接的衔接子内。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的改进的邻近延伸测定法，其还包括在步骤(b)之前，将随机核酸序列掺入每个dsDNA模板分子中以用作分子条形码。

6.根据权利要求5所述的改进的邻近延伸测定法，其还包括在步骤(b)之前，将至少一种蛋白质浓度对照组合物与所述dsDNA模板分子组合。

7.根据权利要求6所述的改进的邻近延伸测定法，其中每种蛋白质分析物以原始浓度存在于所述生物样品中，并且所述测定法还包括(d)通过将指示特定蛋白质分析物的序列读取与由所述蛋白质浓度对照组合物产生的序列读取比较来测定所述样品中至少一种蛋白质分析物的原始浓度。

8.根据权利要求1至6中任一项所述的改进的邻近延伸测定法，其还包括并行地检测多个生物样品中每一个中的多种蛋白质分析物。

9.根据权利要求7所述的改进的邻近延伸测定法，其还包括并行地检测多个生物样品中每一个中的多种蛋白质分析物。

10.根据权利要求9所述的改进的邻近延伸测定法，其中所述多个生物样品包括至少300个生物样品。

11.根据权利要求10所述的改进的邻近延伸测定法，其中所述多个生物样品包括至少500个生物样品。

12.根据权利要求11所述的改进的邻近延伸测定法，其中所述多个生物样品包括至少1000个生物样品。

13.根据权利要求9所述的改进的邻近延伸测定法，其中所述多个生物样品包括384或1536个生物样品，并且所述测定法是每个生物样品在微板的单个孔中进行的。