[发明专利]艰难梭菌耐药进化分支SNP标记及菌株类别鉴定方法和应用

权利要求书

1.一种艰难梭菌耐药进化分支SNP标记，其特征在于，所述艰难梭菌是艰难梭菌(Clostridium difficile)clade2，所述SNP标记选自如下三种类别中任一SNP标记或它们的任意组合：

(a)类别1：基因组碱基编号1029237位为A碱基，基因组碱基编号1205938位为T碱基，基因组碱基编号2487991位为A碱基，基因组碱基编号2861888位为A碱基，基因组碱基编号882348位为T碱基，基因组碱基编号1798870位为G碱基，基因组碱基编号3083454位为A碱基；

(b)类别2：基因组碱基编号6310位为C碱基，基因组碱基编号1550363位为A碱基；

(c)类别3：基因组碱基编号118669位为G碱基，基因组碱基编号1205250位为C碱基，基因组碱基编号1235096位为C碱基，基因组碱基编号1462869位为A碱基，基因组碱基编号1549858位为T碱基，基因组碱基编号2367860位为A碱基，基因组碱基编号2851331位为A碱基，基因组碱基编号3031309位为C碱基，基因组碱基编号3419928位为G碱基，基因组碱基编号1602810位为G碱基，基因组碱基编号2585036位T碱基。

2.一种艰难梭菌菌株类别鉴定方法，其特征在于，所述方法包括：获取待鉴定艰难梭菌菌株的权利要求1中SNP标记中至少一个SNP标记位点的碱基信息；以及，根据所述碱基信息判断所述艰难梭菌菌株类别。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述方法包括：获取待鉴定艰难梭菌菌株的权利要求1中所述类别1、类别2或类别3中至少一个SNP标记位点的碱基信息；以及，根据所述碱基信息判断所述艰难梭菌菌株是否属于所述类别1、类别2或类别3。

4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述方法包括：获取待鉴定艰难梭菌菌株的权利要求1中所述类别1、类别2或类别3中至少两个类别中每个类别中的至少一个SNP标记位点的碱基信息；以及，根据所述碱基信息判断所述艰难梭菌菌株属于所述类别1、类别2或类别3中的类别。

5.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述方法通过使用用于特异性扩增所述SNP标记位点所在基因组区域的引物扩增所述区域，并通过测序获取所述SNP标记位点的碱基信息。

6.一种诊断艰难梭菌感染的患者中菌株类别的方法，其特征在于，所述方法包括：获取来自于所述患者的所述艰难梭菌的权利要求1中SNP标记中至少一个SNP标记位点的碱基信息；以及，根据所述碱基信息判断所述艰难梭菌菌株类别。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述方法包括：获取来自于所述患者的所述艰难梭菌的权利要求1中所述类别1、类别2或类别3中至少一个SNP标记位点的碱基信息；以及，根据所述碱基信息判断所述艰难梭菌菌株是否属于所述类别1、类别2或类别3。

8.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述方法包括：获取来自于所述患者的所述艰难梭菌的权利要求1中所述类别1、类别2或类别3中至少两个类别中每个类别中的至少一个SNP标记位点的碱基信息；以及，根据所述碱基信息判断所述艰难梭菌菌株属于所述类别1、类别2或类别3中的类别。

9.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述方法通过使用用于特异性扩增所述SNP标记位点所在基因组区域的引物扩增所述区域，并通过测序获取所述SNP标记位点的碱基信息。

10.一种治疗艰难梭菌感染的患者的方法，其特征在于，所述方法包括：获取来自于所述患者的所述艰难梭菌的权利要求1中SNP标记中至少一个SNP标记位点的碱基信息；根据所述碱基信息判断所述艰难梭菌菌株类别；以及，在所述艰难梭菌菌株类别包括所述类别2时，向所述患者施用莫西沙星和/或甲硝哒唑；任选地，在所述艰难梭菌菌株类别包括所述类别2和/或类别3时，向所述患者施用万古霉素。