[发明专利]艰难梭菌耐药进化分支SNP标记及菌株类别鉴定方法和应用

说明书

一种艰难梭菌耐药进化分支SNP标记及菌株类别鉴定方法和应用，本发明的SNP标记是艰难梭菌（Clostridium difficile）clade2（主要为高毒型别核糖核酸型027）的三种类别特异性标记，能够快速准确鉴定耐多种治疗药物和相关药物的艰难梭菌的进化分支，精确区分耐药分支类别不但可以有效指导临床用药同时为耐药病原菌进化溯源提供依据。

技术领域

本发明涉及微生物耐药技术领域，具体涉及一种艰难梭菌耐药进化分支SNP标记及菌株类别鉴定方法和应用。

背景技术

美国疾病预防控制中心(CDC)2015年发布的数据显示，仅在美国每年有近50万人感染艰难梭菌(Clostridium difficile)，年死亡例数高达3万，已经开始取代MRSA成为最常见的医院感染病原体，治疗费用高达每年15亿美金。亚洲人艰难梭菌感染总数也逐年上升。该菌对常见抗生素如红霉素、克林霉素、氟喹诺酮类均有较高的耐药程度，只能通过甲硝唑和万古霉素来治疗，但近年来对甲硝唑和万古霉素的敏感性也持续下降，尤其是艰难梭菌的clade2菌株，clade2依据艰难梭菌多位点序列分型(Multilocus sequence typing，MLST)数据库(http://pubmlst.org/cdifficile)定义，该库根据艰难梭菌7个看家基因的多态性确定每个菌株的序列类型(sequence type,ST)，再根据整个物种进化关系将各ST分配到5个分支(clade1～clade5)。Clade2为其中之一，主要包括高毒型别核糖核酸型027(Ribotype027)，是艰难梭菌多达600种核糖核酸型中的一种，该型别通过实验手段利用16S-23S的基因间隔区域多态性的聚合酶链反应的方法分类获得，其耐药程度和临床严重程度受到高度关注。

对耐药菌继续使用抗生素，不但起不到治疗效果，产生资源浪费且耽误临床周期，还有可能造成更严重的耐药突变。现有的病原菌耐药性检测主要有以下两类技术：(1)通过药敏试验鉴定耐药与否；(2)已有耐药试剂盒等产品鉴定耐药。现有的病原菌耐药性检测技术存在以下问题：(1)药敏试验检测艰难梭菌，培养条件苛刻，实验周期较长，不能满足临床快检的需求。(2)已有耐药试剂盒并不是治疗药物的检测，临床指导意义不大。

发明内容

本发明提供一种艰难梭菌耐药进化分支SNP标记及菌株类别鉴定方法和应用，能够快速准确鉴定耐多种治疗药物和相关药物的艰难梭菌的进化分支，具有临床治疗指导意义。

根据第一方面，一种实施例中提供一种艰难梭菌耐药进化分支SNP标记，艰难梭菌是艰难梭菌(Clostridium difficile)clade2，上述SNP标记选自如下三种类别中任一SNP标记或它们的任意组合：

(a)类别1：基因组碱基编号1029237位为A碱基，基因组碱基编号1205938位为T碱基，基因组碱基编号2487991位为A碱基，基因组碱基编号2861888位为A碱基，基因组碱基编号882348位为T碱基，基因组碱基编号1798870位为G碱基，基因组碱基编号3083454位为A碱基；

(b)类别2：基因组碱基编号6310位为C碱基，基因组碱基编号1550363位为A碱基；

(c)类别3：基因组碱基编号118669位为G碱基，基因组碱基编号1205250位为C碱基，基因组碱基编号1235096位为C碱基，基因组碱基编号1462869位为A碱基，基因组碱基编号1549858位为T碱基，基因组碱基编号2367860位为A碱基，基因组碱基编号2851331位为A碱基，基因组碱基编号3031309位为C碱基，基因组碱基编号3419928位为G碱基，基因组碱基编号1602810位为G碱基，基因组碱基编号2585036位T碱基。

在优选实施例中，艰难梭菌(Clostridium difficile)clade2为高毒型别核糖核酸型027(Ribotype027)。