[发明专利]制备单链长探针的方法、去除核糖体RNA的方法和试剂盒

说明书

本发明涉及一种制备单链长探针的方法、去除核糖体RNA的方法和试剂盒。该制备单链长探针的方法包括通过反转录获得cDNA样本，所述cDNA样本包含核糖体RNA的反转录产物；利用引物对cDNA样本进行特异性扩增，获得扩增产物，所述引物能够特异性靶向所述核糖体RNA的反转录产物，所述扩增产物包括互补的两条链；去除扩增产物中的一条链，获得所述单链长探针；所述引物包括第一引物和第二引物，第一引物5’端携带有磷酸化修饰，第二引物上含有至少一个硫代修饰。所获得的单链长探针可以用于去除核糖体RNA，可以应用于多种物种中RNA样本中核糖体RNA的去除，方便简单，且核糖体RNA的残留率低。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种制备单链长探针的方法、去除核糖体RNA的方法和试剂盒。

背景技术

RNA在遗传信息表达和调控过程中RNA发挥重要的作用，转录组测序是研究生物调控的重要手段，其研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA和非编码RNA。非编码RNA中核糖体RNA(rRNA)在总RNA中占据80％-90％，然而，这些rRNA所含的转录组信息很少，浪费了宝贵的测序资源，也让特定类型RNA的检测变得困难。在二代测序的应用中，研究者都希望从测序数据中最大化地接收有益的生物信息，一方面是因为rRNA这个在RNA中最丰富的成员却能够提供非常少的关于转录本的信息，而被视为浪费测序资源，另一方面去除rRNA可以提高低丰度转录本的相对丰度，使丰度的转录本更容易被检测到。因此，通常在测序之前从RNA样品中除去rRNA，rRNA去除的效率也被视为最大化读取到转录物的关键因素。目前市面上去除rRNA的方法有使用合成的短探针结合使用RNase H去除rRNA、使用短探针结合使用磁珠吊取rRNA并去除。使用短探针进行rRNA去除需要设计大量探针序列，对于市面上没有的物种，投入过高。

如果从RNA样品中去除rRNA还需要进一步改进。

发明内容

本发明旨在至少在一定程度上解决相关技术中的技术问题之一。为此，本发明的一个目的在于提出一种制备单链长探针的方法、去除核糖体RNA的方法和试剂盒。应用本发明的制备单链长探针的方法所制备的单链长探针，可以用于核糖体RNA(rRNA)的杂交，然后利用酶切消化处理掉该核糖体RNA，并进一步进行酶切消化去除掉单链长探针，从而可以有效去除RNA样本中的rRNA，去除方法简单，成本低，而且rRNA的残留率很低。

具体而言，本发明提供了如下技术方案：

在本发明的第一方面，本发明提供了一种制备单链长探针的方法，包括：通过反转录获得cDNA样本，所述cDNA样本包含核糖体RNA的反转录产物；基于所述cDNA样本，利用引物对所述cDNA样本进行特异性扩增，以便获得扩增产物，所述引物能够特异性靶向所述核糖体RNA的反转录产物，所述扩增产物包括互补的两条链；去除所述扩增产物中的一条链，以便获得所述单链长探针；其中，所述引物包括第一引物和第二引物，所述第一引物5’端携带有磷酸化修饰，所述第二引物上含有至少一个硫代修饰。

本发明提供了一种制备单链长探针的方法，该方法借助于设计的引物，通过进行特异性扩增，获得互补的两条链的扩增产物，然后去除扩增产物中的一条链，来获得相应的单链长探针。所用到的引物包括第一引物和第二引物，其中第一引物的5’端携带有磷酸化修饰，能够方便由第一引物延伸的一条链后续被去除。第二引物上带有硫代修饰，能够阻止由第二引物延伸处理的一条链被去除。由此，经过硫代修饰的第二引物在PCR扩增后，可以阻止被核酸酶降解，使得经过第二引物延伸的一条链被保留下来，从而获得单链长探针。

根据本发明的实施例，以上所述的制备单链长探针的方法可以进一步包括如下技术特征：

在本发明的一些实施例中，所述引物能够特异性靶向所述核糖体RNA保守区域的反转录产物，所述核糖体RNA来自于至少一个物种。例如能够靶向多个物种，包括鸡、蛙、人、小鼠、鱼、家蚕、蝗虫、鱼、果蝇等等。