[发明专利]实时荧光PCR检测葡萄白粉病菌潜育期侵染量的方法在审
申请号: | 202010009713.X | 申请日: | 2020-01-06 |
公开(公告)号: | CN110964847A | 公开(公告)日: | 2020-04-07 |
发明(设计)人: | 顾沛雯;杜娟;石华荣;李文学;任苗苗 | 申请(专利权)人: | 宁夏大学 |
主分类号: | C12Q1/6895 | 分类号: | C12Q1/6895;C12Q1/6851;C12Q1/06;C12R1/645 |
代理公司: | 北京金智普华知识产权代理有限公司 11401 | 代理人: | 张晓博 |
地址: | 750021 宁夏回族*** | 国省代码: | 宁夏;64 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 实时 荧光 pcr 检测 葡萄 白粉 病菌 潜育期 侵染 方法 | ||
1.一种实时荧光PCR检测葡萄白粉病菌潜育期侵染量的方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
步骤1:准备样品菌株,包括葡萄白粉病菌、芸薹链格孢、哈茨木霉和辣椒胶胞炭疽菌;
步骤2:对菌株进行样品DNA提取;
步骤3:设计并合成引物;
步骤4:对引物进行特异性检查;
步骤5:优化Real-time PCR反应退火温度;
步骤6:制备质粒标准品;
步骤7:绘制Real-time PCR标准曲线并进行有效性检验;
步骤8:通过Real-time PCR定量检测接种后叶片中病原菌含量。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述步骤2中样品DNA提取包括以下步骤:
步骤2.1:取1.5mL离心管加入400μL LE Buffer;取葡萄白粉病菌丝0.5g放入液氮中充分研磨后加入离心管中混匀;
步骤2.2:于65℃环境中温浴15~30min;加入130μL DA Buffer混匀后冰浴5min,14,000r离心3min;
步骤2.3:将上清液转移到新的1.5mL离心管,加滤液体积1.5倍的E Binding Buffer混匀然后转移至过滤柱,6,000r离心1min,弃废液;
步骤2.4:向柱子中加入500μL的G Binding Buffer,10000r离心30s,弃废液;
步骤2.5:过滤柱中加入600μL的Wash Buffer,10000r离心30s,弃废液;
步骤2.6:重复上一步骤一次;再次将柱子10000r离心1min后转移至新的1.5mL离心管;加入150μL Elution Buffer,并于室温温育1min;12000r离心1min,弃去过滤柱;
步骤2.7:分装DNA,标记,-20℃保存备用。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述步骤3具体为:利用葡萄白粉病菌ITS序列设计特异性引物UNF2/UNR2,目的片段大小为157bp,葡萄白粉病菌ITS序列全长1323bp;
所述UNF2:5’-CCTCAAGCTGCCCTTGTG-3’;
所述UNR2:5-’TCCGGATGACCGGACAA-3’。
4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述步骤4具体为:将步骤2中提取的样品DNA以ddH2O为空白对照,用步骤3中引物UNF2/UNR2进行常规PCR和Real-time PCR扩增,检测引物特异性。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,所述Real-time PCR扩增及检测引物特异性具体为:94℃预变性30s;94℃变性5s;58℃退火15s;72℃延伸30s;40个循环;使用荧光定量PCR仪进行扩增,并对扩增加结果进行数据分析,获取Real-time PCR对引物UNF2/UNR2溶解曲线;分析温度设定为60~95℃之间,每0.5℃收集荧光信号30s,溶解曲线分析中有单一特异的峰为判断引物特异性的标准。
6.根据权利要求5所述的方法,其特征在于,所述步骤5具体为设计退火温度区间56~59℃,优化退火温度按Real-time PCR反应体系及条件,对扩增曲线和溶解曲线中荧光值△Rn最高和Ct值最小且在溶解曲线分析中有单一吸收峰为标准,进行最佳退火温度的优化,Ct值为每个反应管内的荧光信号到达设定的阈值时所经历等的循环数。
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