[发明专利]用于肿瘤组织分子谱的SRM/MRM测定

权利要求书

1.一种在获自受试者的福尔马林固定的肿瘤组织的生物样品中建立蛋白质表达谱的方法，所述方法包括

使用质谱分析检测和/或定量所述生物样品制备的蛋白质消化物中一种或多种片段肽的含量；以及计算所述生物样品中的相应的一种或多种蛋白质的含量；

其中，所述生物样品为福尔马林固定的肿瘤组织的生物样品；

其中，所述一种或多种蛋白质选自由CDK12、CHD4、CLDN18.2、CSNK1A1、EZR、FAK1、FAS、FTH1、INSR、JAK1、LDHA、LDHB、MICA、MICB、N-Myc、NRP1、PAK1、PARP2、PDK2、SELL、SMARCA2、STEAP1、SYK、TP53BP1、TROP2、ULBP3、XPF、ASS1、MELF、RNF43、CLDN6、CLDN9、DPEP3和GPC1组成的组。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，该方法还包括在检测和/或定量所述一种或多种片段肽的含量之前分级分离所述蛋白质消化物的步骤。

3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述分级分离步骤选自由液相色谱、纳米反相液相色谱、高效液相色谱和反相高效液相色谱组成的组。

4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述蛋白质消化物包含蛋白酶消化物，优选胰蛋白酶消化物。

5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述质谱分析包括串联质谱分析、离子阱质谱分析、三重四极杆质谱分析、混合离子阱/四极杆质谱分析、MALDI-TOF质谱分析、MALDI质谱分析和/或飞行时间质谱分析。

6.根据权利要求5所述的方法，其中，所使用的质谱分析模式是选择反应监测(SRM)、多重反应监测(MRM)、智能选择反应监测(iSRM)、并行反应监测(PRM)和/或多重选择反应监测(mSRM)。

7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述一种或多种片段肽选自由SEQID NO：1-59的肽组成的组。

8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述组织是石蜡包埋的组织。

9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述组织获自肿瘤，例如原发性肿瘤或继发性肿瘤。

10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，定量所述一种或多种片段肽包括将所述生物样品中所述一种或多种片段肽的含量与不同且单独的生物样品中相同的一种或多种片段肽的含量进行比较。

11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，定量所述一种或多种片段肽包括通过与添加的具有相同氨基酸序列的已知量的内标肽比较来确定所述生物样品中所述一种或多种片段肽的含量。

12.根据权利要求11所述的方法，其中，所述内标肽为同位素标记的肽，所述同位素标记的肽优选选自¹⁸O、¹⁷O、³⁴S、¹⁵N、¹³C、²H以及它们的组合标记的肽。

13.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，检测和/或定量所述蛋白质消化物中所述一种或多种片段肽的含量指示所述受试者中存在相应的蛋白质并且与癌症相关。

14.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，该方法还包括将所述检测和/或定量所述一种或多种片段肽的含量或所述相应蛋白质的含量的结果与所述受试者的免疫系统的活化状态相关联。