[发明专利]用于肿瘤组织分子谱的SRM/MRM测定

说明书

本发明提供了在获自受试者的福尔马林固定的肿瘤组织的生物样品中建立蛋白质表达谱的方法。本发明提供的SRM/MRM测定可用于检测和定量直接在受试者的肿瘤组织中参与细胞过程的蛋白质，所述细胞过程包括细胞分裂、细胞分化、细胞生长抑制、细胞代谢、细胞信号传导和肿瘤免疫应答/调节。SRM/MRM测定可以不管表达的细胞来源，提供整个组织微环境的肿瘤组织概况，告知受试者的最佳癌症疗法治疗。

相关专利申请的交叉引用

本专利申请要求在2019年1月11日提交的美国临时专利申请第62/791,495号的权益，其全部内容通过引用并入本文。

技术领域

本发明提供了用于对从受试者，例如癌症患者，获得的肿瘤组织进行基于质谱的定量蛋白质组分析以获得个性化肿瘤概况的方法。对受试者的肿瘤组织进行的这些蛋白质测定检测和定量可以：1)与对基于免疫的癌症疗法的阳性或阴性应答相关联，其中，所述测定可以有效地预测对基于免疫的癌症疗法的阳性或阴性应答，2)与对分子靶向的癌症疗法的阳性或阴性应答相关联，其中，所述测定可以预测对分子靶向的癌症疗法的阳性或阴性应答，3)启动、抑制、维持、促进和/或以其他方式调节患者自身的免疫系统以攻击患者自身的肿瘤细胞。由这些方法提供的受试者的肿瘤组织的蛋白质组图谱用作改进的癌症治疗方法的一部分，所述方法使用设计成特异性攻击和杀伤肿瘤细胞或操纵受试者的肿瘤免疫应答以杀伤肿瘤细胞的癌症治疗剂。

背景技术

在肿瘤细胞中异常表达并驱动肿瘤细胞生长和存活的蛋白的小分子和生物抑制剂(癌症生物标志物)用作针对多种癌症的治疗剂。异常表达并驱动肿瘤细胞生长和存活的癌症生物标志物蛋白的实例包括Met、IGF-1R和Her2。已经开发了与这些蛋白质直接相互作用的癌症治疗剂。因此，直接在患者肿瘤组织中检测这些蛋白质的表达和定量这些蛋白质可以用作治疗方案的一部分，以选择和施用将抑制这些蛋白质的功能、阻止肿瘤细胞生长和促进总体患者存活的治疗剂或试剂的组合。通过质谱-SRM/MRM分析来源于通过组织显微解剖从患者肿瘤组织提取的肿瘤细胞中的表达蛋白质的特定蛋白酶解肽，可以有效地进行肿瘤组织中(尤其是存在于这种组织中的肿瘤细胞中)的蛋白质的精确检测和定量。在单一SRM/MRM测定中一次定量此类蛋白质组，提供了蛋白质表达景观的“图谱”或“标签”，以告知靶向肿瘤细胞的癌症治疗剂。作为靶向治疗剂治疗方案的一部分，定量测定的实例包括IGF-1R蛋白(参见美国专利8,728,753)和cMet蛋白(参见美国专利9,372,195)。

设计用于特异性抑制驱动癌症过程的蛋白质的功能，从而阻止肿瘤细胞生长的癌症治疗剂的另一个实例是曲妥单抗(Trastuzumab)。曲妥单抗，以商标出售，是一种单克隆抗体，主要用于治疗乳腺癌，也用于治疗在肿瘤组织内的肿瘤细胞中表达Her2受体蛋白的其它癌症。曲妥单抗结合Her2受体蛋白胞外片段的结构域IV。用曲妥珠单抗处理的肿瘤细胞在细胞周期的G1期期间停止生长，因此，增殖减少。已经表明曲妥单抗不改变HER-2基因表达，但下调AKT的激活。此外，曲妥珠单抗通过诱导抗血管生成因子和抑制促血管生成因子抑制血管生成。据说对癌症中观察到的生长失控的贡献可能是由于Her2蛋白的蛋白水解切割导致细胞外结构域的释放。曲妥单抗还显示抑制乳腺癌细胞中Her2胞外域的切割，这也有助于抑制肿瘤细胞生长。