[发明专利]一种用于预测丹参花色的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明提供一种预测丹参花色的SNP分子标记及其应用。基于丹参基因组F3′5′H基因的全长cDNA序列，所述SNP分子标记位点在该基因序列的1230bp位点；本发明还提供一种用于检测所述分子标记的引物和使用所述分子标记预测丹参花色的方法及其应用。使用基于该基因设计的全长扩增引物对，从逆转录获得的cDNA模板中扩增基因全长，经测序证明该引物能特异性的扩增F3′5′H的正确序列。经过序列对比，筛选而得到与丹参花色性状相关的SNP位点。本发明所述的分子标记与丹参花色具有显著关联性，基于所述分子标记的本发明技术能方便快捷检测丹参花色，用于判断丹参花色，紫花丹参F3′5′H基因参考序列的1230bp处的碱基为C，与此相比，白花丹参中的该基因对应位置的变异碱基为T，浅紫花丹参在该为点可为C或T。通过该SNP分子标记，可以快捷地对丹参花色性状进行鉴定，适用于以丹参花色为育种目标的丹参的种植与选育。

技术领域

本发明属于生物标记技术领域，具体涉及一种用于预测和鉴别丹参花色的分 子标记及其技术应用。

背景技术

丹参(Salvia miltiorrhiza Bunge)属于双子叶唇形科鼠尾草属，是异花传粉植物，自然界中存在白花、紫花或其混杂色，其花色是植物的在花期的一个表现性 状，通过丹参花色相关的SNP分子标记位点，在以花色为培育目标的育种中具 有指导作用，在丹参花色的研究领域也具有一定意义。

花色的成色物质是丹参花瓣中的一类黄酮类化合物，并由黄酮类的羟化模式 决定了它们呈现的颜色。花青素形成中的羟化过程，类黄酮-3′，5′-羟基化酶 (F3′5′H)是一类关键酶。其中F3′5′H催化B环3′和5′位置的羟化反应，形成不 同的物质，如羟基化黄酮醇，花青素和PA，在花瓣中花青素的羟化模式强烈影 响花的颜色。据研究报道，在一些观赏植物如玫瑰康乃磬中，缺乏F3′5′H的表 达，导致蓝色和紫色不能形成。

为了验证丹参F3′5′H基因的表达与花色相关，通过获取丹参转录组信息， 对测序结果进行分析比对，统计在该基因上的SNP位点，筛选得到花色表达相 关的SNP位点，具有简便快捷的特点。

发明内容

为了解决现有技术中对花色鉴定时的局限性，本发明提供一种新的SNP分 子标记，该分子可以对丹参花色进行预测，从而快速提供的预测结果。

本发明人在对丹参基因组的SNP进行研究的过程中发现，在丹参F3′5′H基 因全长的1230碱基位置的C/T突变与丹参花色显著相关。

本发明提供了一种与丹参花色相关的SNP分子标记，该分子标记基于丹参 花色基因MH447665(in the GENBANK)，位于该基因序列的第1230位点。

本发明提供了一种用于检测丹参基因的引物组，所述引物组包括用作PCR 扩增的正向引物F3′5′HF：5′-ATGCAAGGTGAAGAATGT-3′，和反向引物F3′5′HR： 5′-CTAGCTAGCTGCATAACAATG-3′。

本发明提供一种试剂盒，包括扩增该基因需要的引物组，所需的试剂、标准 的阳性模板、和可选的使用说明书。

本发明提供了一种基于所述SNP分子标记位点的实施方式，包括PCR扩增 体系一种PCR反应体系：其反应总体系为25μL，其中cDNA 1μL、PCR Buffer 2.5μL、dNTP 2μL、正向引物和反向引物各1μL、pyrobest DNA Taq酶0.25μL和 ddH₂O 17.25μL；和PCR仪程序设置：95℃ 5min；30cycles：94℃ 30s，56℃ 30s， 72℃ 2min；72℃ 10min。

本发明提供了上述SNP分子标记、引物组、试剂盒以及该检测方法的应用。

附图说明：

为了更清楚地说明本发明技术在运用过程中具体实施步骤，下面将具体所需 要的附图做简单地介绍。