[发明专利]一种与杂交黄颡鱼“黄优1号”耐低氧性状相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种与杂交黄颡鱼“黄优1号”耐低氧性状相关的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记是以von Hippel‑Lindau disease tumor suppressor(Vhl基因)的cDNA序列为模板设计引物，扩增得出的基因组序列如SEQ ID NO:1所示，本发明还公开了检测该分子标记的引物对、试剂盒和检测方法。该SNP位点与低氧胁迫下杂交黄颡鱼“黄优1号”的存活率显著相关，该位点基因型为TT的个体耐低氧能力显著强于基因型为AA的个体。本发明公开的SNP位点可以不受杂交黄颡鱼“黄优1号”的年龄和性别等限制，适用于杂交黄颡鱼“黄优1号”的耐低氧苗种筛选和分类，可有效提高杂交黄颡鱼“黄优1号”养殖和运输中低氧条件下的存活率。该方法准确可靠，操作简便。

技术领域

本发明涉及一种与杂交黄颡鱼“黄优1号”耐低氧性状相关的SNP分子标记及其应用，属于黄颡鱼遗传育种领域。

背景技术

杂交黄颡鱼“黄优1号”是由同为鲿科、黄颡鱼属的以3代选育的黄颡鱼为母本， 2代选育的瓦氏黄颡鱼为父本，经过人工杂交获得的F1代。与双亲相比，具有生长速度快，抗逆性强、饲料利用率高等特点。并且在耐低氧方面，已有实验证明杂交黄颡鱼“黄优1号”的耐低氧能力介于父母本之间。因此，在生产养殖和长途运输中，杂交黄颡鱼“黄优1号”依然面临着水体缺氧的问题。水体低氧环境会显著影响鱼体摄食及生长活动，甚至造成鱼体内分泌紊乱。

Vhl基因的蛋白产物为VHL蛋白(pVHL)，其β功能区最重要的靶蛋白是缺氧诱导因子(hypoxia-inducible factor，HIF)。VHL蛋白可以从蛋白水平下调HIF-1α蛋白，而且可以促进HIF-1αmRNA表达，而当pVHL表达异常，细胞中HIF蛋白表达会显著升高，影响血管新生、细胞凋亡、细胞周期、细胞能量代谢等生理过程，进而影响鱼机体稳定。故Vhl基因在低氧调节中起着重要的作用。

单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism，SNP)，是指在基因组DNA序列特定位点的单个核苷酸(A、G、C、T)变异(转换、颠换、插入和缺失)而导致的序列多态性，在1996年由Lander E提出。SNP是继微卫星后发展的第三代DNA分子遗传标记。SNP最主要的突变为转换和颠换，且发生的比例为2：1，所以通常所说的SNP 都是二等位多态性的。SNP具有高密度性、高遗传稳定性等特点，可用于绘制遗传图谱，通过启用全基因组跟踪，对目标区域进行精细定位，快速关联标记物与性状，加速QTL 定位。SNP标记因其在全基因组分布范围广、密度高以及超高通量检测平台的适应性，在植物分子遗传学中应用广泛，后被应用在水产动物的遗传多样性研究、遗传连锁图谱构建、分子标记辅助育种及优良种质保护研究中。

但是，目前现有技术中并没有公开利用SNP分子标记筛选杂交黄颡鱼“黄优1号”耐低氧性状的相关研究。故本发明利用SNP分子标记筛选杂交黄颡鱼“黄优1号”耐低氧相关基因，挑选出在已有耐低氧水平上更耐低氧的群体，实现杂交黄颡鱼“黄优1 号”的高效养殖产业，为养殖户增收创益。

发明内容

发明目的：针对上述技术问题，本发明的第一个目的是提供一种与杂交黄颡鱼“黄优1号”耐低氧性状相关的SNP分子标记，即利用杂交黄颡鱼“黄优1号”Vhl基因序列上与耐低氧性显著关联的SNP位点进行分子标记选择。

本发明第二个目的是提供用于检测上述SNP分子标记的一对引物。

本发明的第三个目的是提供上述SNP分子标记的应用。

技术方案：为达到上述发明目的，本发明采用以下技术方案：