[发明专利]一种用于淋巴瘤预后判断的方法、试剂盒及应用有效
申请号: | 202010090278.8 | 申请日: | 2020-02-13 |
公开(公告)号: | CN111584001B | 公开(公告)日: | 2022-05-20 |
发明(设计)人: | 赵维莅;许彭鹏;付迪;王黎;俞浩;刘以哲;熊慧 | 申请(专利权)人: | 上海交通大学医学院附属瑞金医院;上海源奇生物医药科技有限公司 |
主分类号: | G16B20/50 | 分类号: | G16B20/50;G16B20/30;G06Q10/06 |
代理公司: | 北京和信华成知识产权代理事务所(普通合伙) 11390 | 代理人: | 林静涛 |
地址: | 200025 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 用于 淋巴瘤 预后 判断 方法 试剂盒 应用 | ||
1.一种淋巴瘤预后评估方法,其特征在于,至少包括以下步骤:
获得待测者的所述淋巴瘤预后相关基因的测序数据;
对所述测序数据进行数据分析,获得所述淋巴瘤预后相关基因是否发生突变的数据分析结果;
对所述数据分析结果进行评分,进行预后判断;所述预后判断的方法包括:
如某一基因发生突变,则将该基因记为1;如某一基因未发生突变,则将该基因记为0,将所述淋巴瘤预后相关基因的数值代入以下公式,得到评分:
评分=3.2593×CD79B基因+1.8022×CREBBP基因+2.3581×EP300基因-2.8398×KMT2C基因+0.9023×KMT2D基因-2.6909×MYD88基因+2.2589×SOCS1基因+1.4449×CD70基因-0.9538×GNA13基因+1.6873×NOTCH1基因+1.4748×TNFAIP3基因-1.6888×BTG1基因-0.9441×BTG2基因-1.1043×STAT3基因+0.5809×PIM1基因+0.4379×DTX1基因+1.0021×TP53基因+0.5812×IPI_3+3.5937×IPI_4+18.2859×IPI_5;
将获得的评分按照以下标准进行评判:
若评分≤1.60,判断为预后不易复发;
若评分>1.60,判断为预后易复发;
IPI_3代表所述待测者的IPI评分等于3,IPI_4代表所述待测者的IPI评分等于3,IPI_5代表所述待测者的IPI评分等于5;
当IPI评分为2时,IPI_3的值、IPI_4的值和IPI_5的值均为0,
当IPI评分为3时,IPI_3的值为1,IPI_4的值和IPI_5的值为0,
当IPI评分为4时,IPI_4的值为1,IPI_3的值和IPI_5的值为0,
当IPI评分为5时,IPI_5的值为1,IPI_4的值和IPI_5的值为0。
2.一种用于淋巴瘤预后判断的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中包括以下组件:组件A、组件B、组件C、组件D;
所述组件A为对待测者的淋巴瘤预后相关基因进行文库制备和杂交捕获的试剂盒;所述淋巴瘤预后相关基因至少包括:CD79B基因、CREBBP基因、EP300基因、KMT2C基因、KMT2D基因、MYD88基因、SOCS1基因、CD70基因、GNA13基因、NOTCH1基因、TNFAIP3基因、BTG1基因、BTG2基因、STAT3基因、PIM1基因、DTX1基因和TP53基因;
所述组件B为用于测序的设备;
所述组件C为对所述组件B获得的测序结果进行数据处理的数据分析系统;
所述组件D为记载有如下方法的载体:
获得所述待测者的所述淋巴瘤预后相关基因的测序数据;
对所述测序数据进行数据分析,获得所述淋巴瘤预后相关基因是否发生突变的数据分析结果;
对所述数据分析结果进行评分,进行预后判断;所述预后判断的方法包括:
如某一基因发生突变,则将该基因记为1;如某一基因未发生突变,则将该基因记为0,将所述淋巴瘤预后相关基因的数值代入以下公式,得到评分:
评分=3.2593×CD79B基因+1.8022×CREBBP基因+2.3581×EP300基因-2.8398×KMT2C基因+0.9023×KMT2D基因-2.6909×MYD88基因+2.2589×SOCS1基因+1.4449×CD70基因-0.9538×GNA13基因+1.6873×NOTCH1基因+1.4748×TNFAIP3基因-1.6888×BTG1基因-0.9441×BTG2基因-1.1043×STAT3基因+0.5809×PIM1基因+0.4379×DTX1基因+1.0021×TP53基因+0.5812×IPI_3+3.5937×IPI_4+18.2859×IPI_5;
将获得的评分按照以下标准进行评判:
若评分≤1.60,判断为预后不易复发;
若评分>1.60,判断为预后易复发;
IPI_3代表所述待测者的IPI评分等于3,IPI_4代表所述待测者的IPI评分等于3,IPI_5代表所述待测者的IPI评分等于5;
当IPI评分为2时,IPI_3的值、IPI_4的值和IPI_5的值均为0,
当IPI评分为3时,IPI_3的值为1,IPI_4的值和IPI_5的值为0,
当IPI评分为4时,IPI_4的值为1,IPI_3的值和IPI_5的值为0,
当IPI评分为5时,IPI_5的值为1,IPI_4的值和IPI_5的值为0。
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