[发明专利]DNA指纹图谱的构建方法、构建装置及终端设备有效
申请号: | 202010102817.5 | 申请日: | 2020-02-19 |
公开(公告)号: | CN111883212B | 公开(公告)日: | 2021-11-26 |
发明(设计)人: | 邹枚伶;王文泉;江思容;夏志强;张辰笈;孙倩 | 申请(专利权)人: | 中国热带农业科学院热带生物技术研究所 |
主分类号: | G16B35/20 | 分类号: | G16B35/20 |
代理公司: | 深圳中一联合知识产权代理有限公司 44414 | 代理人: | 李艳丽 |
地址: | 570100 *** | 国省代码: | 海南;46 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | dna 指纹 图谱 构建 方法 装置 终端设备 | ||
1.一种DNA指纹图谱的构建方法,其特征在于,包括:
获取目标物种的M个单碱基多态性位点以及每个单碱基多态性位点上的碱基信息;
根据所述每个单碱基多态性位点上的碱基信息,从所述M个单碱基多态性位点中筛选出N个核心位点,其中,N小于或等于M,包括:获取所述目标物种的参考基因组;分别将所述每个单碱基多态性位点上的碱基信息与所述参考基因组中对应的基因位点上的碱基信息进行比对,并根据比对结果分别确定每个单碱基多态性位点对应的变异标签,包括:对于每个单碱基多态性位点,若所述单碱基多态性位点上的碱基信息与所述参考基因组中对应的基因位点上的碱基信息相同,则确定所述单碱基多态性位点对应的变异标签为第一标签;若所述单碱基多态性位点上的碱基信息与所述参考基因组中对应的基因位点上的碱基信息不同,则确定所述单碱基多态性位点对应的变异标签为第二标签;若所述单碱基多态性位点上缺失碱基信息,则确定所述单碱基多态性位对应的变异标签为第三标签;根据预设的筛选条件和所述每个单碱基多态性位点对应的变异标签,从M个单碱基多态性位点中选取N个核心位点;所述N个核心位点中包括至少一个所述第一标签对应的单碱基多态性位点、至少一个所述第二标签对应的单碱基多态性位点和至少一个第三标签对应的单碱基多态性位点;
将所述N个核心位点输入到预设的遗传算法模型中构建出所述目标物种的DNA指纹图谱。
2.如权利要求1所述的DNA指纹图谱的构建方法,其特征在于,所述N个核心位点中包括至少一个所述第一标签对应的单碱基多态性位点、至少一个所述第二标签对应的单碱基多态性位点和至少一个第三标签对应的单碱基多态性位点;
所述筛选条件包括:
在所述N个核心位点中,所述第三标签对应的单碱基多态性位点的个数与所述N的比值小于第一预设值,并且和分别小于第二预设值;
其中,a为所述N个核心位点中所述第一标签对应的单碱基多态性位点的个数,b为所述N个核心位点中所述第二标签对应的单碱基多态性位点的个数。
3.如权利要求1所述的DNA指纹图谱的构建方法,其特征在于,所述将所述N个核心位点输入到预设的遗传算法模型中构建出所述目标物种的DNA指纹图谱,包括:
获取预设的迭代次数和位点条数,其中,所述位点条数小于或等于所述N;
将所述迭代次数和所述位点条数作为所述遗传算法的参数,并基于所述参数、根据所述遗传算法和所述N个核心位点构建所述目标物种的DNA指纹图谱;
其中,所述目标物种的DNA指纹图谱中包括所述目标物种的多个品种的DNA指纹,每个品种的DNA指纹中包括该品种对应的所有位点组合,每个位点组合中包括L个核心位点以及每个核心位点对应的变异标签,L为所述位点条数。
4.如权利要求3所述的DNA指纹图谱的构建方法,其特征在于,在将所述N个核心位点输入到预设的遗传算法模型中构建出所述目标物种的DNA指纹图谱之后,所述方法还包括:
获取属于所述目标物种的待鉴定样品,并获取所述待鉴定样品的所述N个核心位点上的碱基信息,为目标信息;
分别将每个目标信息与所述参考基因组中对应的基因位点上的碱基信息进行比对,并根据比对结果确定所述待鉴定样品的DNA指纹;
将所述目标物种的DNA指纹图谱中目标指纹对应的品种确定为所述待鉴定样品的品种,其中,所述目标指纹为与所述待鉴定样品的DNA指纹匹配的DNA指纹。
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