[发明专利]DNA指纹图谱的构建方法、构建装置及终端设备有效

专利信息
申请号: 202010102817.5 申请日: 2020-02-19
公开(公告)号: CN111883212B 公开(公告)日: 2021-11-26
发明(设计)人: 邹枚伶;王文泉;江思容;夏志强;张辰笈;孙倩 申请(专利权)人: 中国热带农业科学院热带生物技术研究所
主分类号: G16B35/20 分类号: G16B35/20
代理公司: 深圳中一联合知识产权代理有限公司 44414 代理人: 李艳丽
地址: 570100 *** 国省代码: 海南;46
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摘要:
搜索关键词: dna 指纹 图谱 构建 方法 装置 终端设备
【说明书】:

本申请适用于数据处理技术领域,提供了一种DNA指纹图谱的构建方法、构建装置及终端设备,包括:获取目标物种的M个单碱基多态性位点以及每个单碱基多态性位点上的碱基信息;根据所述每个单碱基多态性位点上的碱基信息,从所述M个单碱基多态性位点中筛选出N个核心位点,其中,N小于或等于M;将所述N个核心位点输入到预设的遗传算法模型中构建出所述目标物种的DNA指纹图谱。通过上述方法,有效提高了DNA指纹图谱的创建效率,同时有效提高了创建方法的自适应性,保证了构建出的DNA指纹图谱的准确性。

技术领域

本申请属于数据处理技术领域,尤其涉及一种DNA指纹图谱的构建方法、构建装置及终端设备。

背景技术

DNA(Deoxyribonucleic Acid,脱氧核糖核酸(英文缩写为DNA))指纹图谱是指DNA样品用特定分子标记技术处理显示出具有特定DNA片段的总称。DNA指纹图谱技术最早用于在刑侦或亲子鉴定中确定人的身份,而后随着生物技术的进步与发展,DNA指纹图谱技术被广泛应用于生物品种的鉴定。

但是现有的DNA指纹图谱的构建方法,步骤繁琐,不易实现自动化分析,耗时较长;另外,现有的DNA指纹图谱的构建方法容易受各种因素影响,例如当分子遗传标记的操作条件或操作方法等发生改变时,构建的DNA指纹图谱往往不够准确,方法的自适应性较差。

发明内容

本申请实施例提供了一种DNA指纹图谱的构建方法、构建装置及终端设备,可以解决现有的DNA指纹图谱的构建方法耗时较长、自适应性较差的问题。

第一方面,本申请实施例提供了一种DNA指纹图谱的构建方法,包括:

获取目标物种的M个单碱基多态性位点以及每个单碱基多态性位点上的碱基信息;

根据所述每个单碱基多态性位点上的碱基信息,从所述M个单碱基多态性位点中筛选出N个核心位点,其中,N小于或等于M;

将所述N个核心位点输入到预设的遗传算法模型中构建出所述目标物种的DNA指纹图谱。

在第一方面的一种可能的实现方式中,所述根据所述每个单碱基多态性位点上的碱基信息,从所述M个单碱基多态性位点中筛选出N个核心位点,包括:

获取所述目标物种的参考基因组;

分别将所述每个单碱基多态性位点上的碱基信息与所述参考基因组中对应的基因位点上的碱基信息进行比对,并根据比对结果分别确定每个单碱基多态性位点对应的变异标签;

根据预设的筛选条件和所述每个单碱基多态性位点对应的变异标签,从M个单碱基多态性位点中选取N个核心位点。

在第一方面的一种可能的实现方式中,所述分别将每个单碱基多态性位点上的碱基信息与所述参考基因组中对应的基因位点上的碱基信息进行比对,并根据比对结果分别确定每个单碱基多态性位点对应的变异标签,包括:

对于每个单碱基多态性位点,若所述单碱基多态性位点上的碱基信息与所述参考基因组中对应的基因位点上的碱基信息相同,则确定所述单碱基多态性位点对应的变异标签为第一标签;

若所述单碱基多态性位点上的碱基信息与所述参考基因组中对应的基因位点上的碱基信息不同,则确定所述单碱基多态性位点对应的变异标签为第二标签;

若所述单碱基多态性位点上缺失碱基信息,则确定所述单碱基多态性位对应的变异标签为第三标签。

在第一方面的一种可能的实现方式中,所述N个核心位点中包括至少一个所述第一标签对应的单碱基多态性位点、至少一个所述第二标签对应的单碱基多态性位点和至少一个第三标签对应的单碱基多态性位点;

所述筛选条件包括:

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