[发明专利]一种检测鲁西黑公羊胸深性状的DNA检测方法及其应用

说明书

本发明公开了一种检测鲁西黑公羊胸深性状的DNA检测方法及其应用，以待测鲁西黑公羊全基因组DNA为模板，以引物对P1为扩增引物，利用PCR扩增包含绵羊IGF2BP1基因第4个内含子区域插入/缺失多态性位点的片段，对PCR扩增产物进行电泳，根据电泳结果筛选具有优良胸深性状的鲁西黑公羊，该方法不仅可以利用IGF2BP1基因建立快速鉴定具有优良胸深性状的鲁西黑公羊遗传资源的群体，同时也可以筛选具有优良胸深性状的绵羊遗传资源群体。

技术领域

本发明涉及一种检测鲁西黑公羊胸深性状的DNA检测方法及其应用，属于分子生物学领域。

背景技术

随着经济的发展和人民生活水平的体高，人们在肉质食品的选择更加趋于多元化，逐渐将关注热点集中在其是否具有高营养的特征上来。羊肉因而以其肉质鲜美、高蛋白、低脂肪等优点被人们所关注。在动物科学研究领域，为了提高绵羊的出肉率而如何选育出具有更加优良生长性状的绵羊个体一直是动物遗传育种中的一个关键问题。

随着各物种的遗传图谱的进一步完善和基因组的测序工作的完成以及分子生物学的飞速发展，分子育种的方式将会和传统的育种方法相结合，共同解决动物的遗传育种问题。

标记辅助选择(Marker-assisted Selection，MAS)技术是指根据某个遗传标记对其在DNA水平上进行检测从而快速准确地分析个体的遗传组成，从而实现对基因型的直接选择，提高对畜禽优势新品种选育的准确性和效率。插入/缺失多态性(insertion/deletion,InDel)作为一种第三代遗传标记，其广泛存在于基因组中且具有双等位基因的特点；相比于SNP，其具有突变频率低，稳定性较好，而且由于具有长度多态性的特点可以直接通过简单的PCR方法进行快速检测。InDel标记作为一种长度多态性标记，现已经广泛用于图位克隆、基因定位、遗传图谱构建等领域，尤其是在标记辅助选育中具有很大的潜力。

随着基因组学、比较基因组学以及全基因组关联性分析(GWAS)的深入研究，已经有大量的InDel位点被发现，其为理论研究和遗传选育应用研究提供了大量的生物信息。然而，对于其具有什么样的功能仍然是未知的，并且对于这些InDel位点与动物生长、繁殖性状的关联分析的研究仍然比较少。因此，在培育具有优良生长性状的绵羊育种目标上，通过对在分子水平上筛选与绵羊生长性状密切相关的DNA标记进行基因多态性的检测，以及基因多态性与生长性状的关联分析，从而利用MAS加快建立具有优良生长性状绵羊种群一直是关注热点。

绵羊IGF2BP1基因位于11号染色体上，具有15个外显子和14个内含子，长度约为39.9kb，其具有三种转录变体，对应编码三种蛋白质亚型。该IGF2BP1基因(又称IMP1、CRD-BP)是IGF2BP家族的重要一员，其可编码一种RNA结合蛋白，在IGF信号通路中起着重要的作用。IGF2BP1在多个物种中高度保守，对其蛋白质结构的研究发现，其含有四个KH(K同源)结构域和两个RRMs(RNA识别基序)。IGF2BP1可通过KH结构域与经m6A修饰的靶mRNA分子结合，而调节其稳定性、分布区域和翻译能力。现有研究已表明，IGF2BP1可结合IGF2、PTEN、ACTB、MAPK4、MKI67、c-MYC和CD44等与生长增殖有关的mRNA分子而调节其表达水平，进而影响细胞的生长和增殖。另外，表观遗传学方面的研究表明诸多非编码RNA，包括miRNA、lncRNA以及circRNA，可以通过结合IGF2BP1来间接调控靶mRNA分子的稳定性、翻译能力和分布区域。IGF2BP1还可通过与YBX1顺式结合在位于核孔处的mRNA，进而形成mRNP(mRNA-蛋白质复合体)。对IGF2BP1的诸多研究表明，其高表达于早期胚胎以及至少16种癌细胞中，然而在成人组织的表达则仅局限于生殖细胞中。由于其不仅能够影响细胞的生长和增殖，而且能够促进胚胎的发育，因而在对人类以及动物的早期胚胎发育过程的机制研究也具有重要的意义。综上所述，由于其对细胞的生长、增殖的促进作用以及对早期胚胎发育的影响，IGF2BP1很有可能对家畜的生长性状有着一定的影响。然而，目前尚未见到关于IGF2BP1基因InDel位点与绵羊胸深生长性状存在显著相关的报道。

发明内容