[发明专利]一体化分子诊断系统及其在追溯β冠状病毒动物来源的应用

说明书

本发明提供了一种用于检测β冠状病毒的引物和探针组合，其中包括分别针对β冠状病毒A普系、B普系、C普系及C普系MERS，和/或D普系的引物和探针；本发明还提供18S rRNA序列作为在哺乳动物和禽类的病毒检测中作为内参基因的应用。进一步提供一种用于一体化检测动物中β冠状病毒的试剂盒，其包括上述的试剂盒包装成的反应液，还包括裂解提取液和清洗液。本发明通过引物和探针的设计，使得在一个反应里同时能检测新型冠状病毒SARS‑CoV‑2，SARS病毒以及MERS病毒等动物源性β冠状病毒，从而在一个反应里实现对三大烈性的高传染性呼吸系统病原体的全覆盖，对于其动物溯源，具有较高的应用价值。

技术领域：

本发明属于分子生物学，尤其涉及病毒的检测，更具体涉及β冠状病毒溯源的检测。

背景技术：

对于病原体为新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的检测，科学家已经提供了检测引物和探针(http://www.chinaivdc.cn/)。疫情严重，寻找传染源、弄清传播途径是社会各界观注的重要问题。中国科学院武汉病毒研究所石正丽团队研究表明这次新型冠状病毒(SARS-CoV-2)与一株蝙蝠体内分离到的冠状病毒序列一致性高达96％(Zhou P,Yang XL, WangXG,et al.Discovery of a novel coronavirus associated with the recentpneumonia outbreak in humans and its potential bat origin.bioRxiv 2020)，可以将天然宿主基本锁定在蝙蝠。然而，蝙蝠体内常在的冠状病毒能否直接感染人类并未可知？SARS-CoV-2是否通过某些中间宿主传染到人？为了回答上述问题，大量的动物溯源工作需要进行。这对于明确SARS-CoV-2传染源、切断传播途径具有重大的意义。2020年2月7日华南农业大学通报，其与合作机构对动物园野生动物的潜在冠状病毒进行宏基因组学分析，并通过分子生物学检测，揭示穿山甲中β冠状病毒的阳性率为70％；进一步对病毒进行分离鉴定，电镜下观察到典型的冠状病毒颗粒结构；最后通过对病毒的基因组分析，发现宏基因拼接出来的毒株序列与目前感染人的毒株序列相似度高达99％，确定穿山甲是可能的潜在宿主。除穿山甲外，还有哪些物种可能作为本次疫情大暴发的中间宿主值得深入研究。