[发明专利]一种大肠癌多基因筛选探针及其应用

说明书

本发明克服目前临床应用中仅对单个或几个激酶基因突变点做预测，不能满足实际临床检测诊断需求的问题，提供一种大肠癌多基因筛选探针，以及大肠癌基因筛选的方法及试剂盒，以达到高效检测基因突变，对大肠癌患者精准分型，并降低患者基因检测成本的目的。

技术领域

本发明属于基因检测技术领域，具体涉及一种大肠癌多基因筛选探针及其应用。

背景技术

癌症是当今世界引起死亡与残疾的首要原因。每种肿瘤都包括遗传性(胚系)和肿瘤特异性(体细胞)变异。在过去的十年中，高通量测序和生物信息学技术取得巨大的进步，大量胚系和体细胞基因的突变信息被收集。大量临床实践已经证明，将癌症患者身上出现突变的特定蛋白作为靶点的治疗是有效的。为了实现精准医学的目标，即将正确的药物用于正确的患者，许多实验室已经开始在癌症基因检测中应用二代测序技术。

大肠癌的发生发展与许多信号通路异常密切相关，其中的关键分子一直是药物研发的热点。其中，丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase，MAPK)以及它上下游信号分子，因其在大肠癌中的重要作用近年来受到越来越多的关注。如今越来越多的激酶的基因变异被证实与包括大肠癌在内的各种形式的肿瘤相关。已有报道支持，KRAS、NRAS、BRAF基因同时野生型的患者对靶向药物Regorafenib、Panitumumab、Cetuximab敏感，能够使之在治疗中获益；而BRAF的突变也使黑色瘤的抗药性增强。因此，对于突变的检测对靶向激酶药物在癌症中治疗效果评估，具有重大的应用价值。然而，目前临床应用中仅是针对单个或者几个激酶基因突变点的预测，并不能满足实际临床检测诊断的需求。

发明内容

本发明的目的是克服目前临床应用中仅对单个或几个激酶基因突变点做预测，不能满足实际临床检测诊断需求的问题，提供一种大肠癌多基因筛选探针，以及大肠癌基因筛选的方法及试剂盒，以达到高效检测基因突变，对大肠癌患者精准分型，并降低患者基因检测成本的目的。

本发明首先提供了一种大肠癌多基因筛选探针，其是通过如下方法制备得到的：

针对表1和表2中的所有大肠癌高发的高危突变基因，下载基因外显子编码序列，在3’端和5’端各增加50bp的侧翼序列；(ucsc数据库中基因组版本选择hg19/GRCH37)

利用Oligowiz2.0软件处理基因序列，获得Output.owz文件；

利用OligoWiz-2.1.0_OFFLINE.jar软件在windows系统下打开上述Output.owz文件，选择最小探针间距为55bp，最大探针数量为无限制，其余参数都使用默认值，导出探针列表；

在探针5’端添加一条SEQ NO.1的引物序列，3’端添加一条SEQ NO.2的引物序列，然后合成探针。

其中利用Oligowiz2.0软件处理基因序列的具体参数设定如下：

-length：目标Oligo优选长度为110个碱基；

-lmax和-lmin：严格限定探针的长度，必须为110bp；

-minlh：软件默认值为15；

程序运行的结果，重定向到owz后缀命名的文件；

其中SEQ NO.1：5’-GAAGCGAGGA TCAACT-3’；

SEQ NO.2：5’-CATTGCGTGA ACCGA-3’

其中大肠癌高发的高危突变基因，包括514个体细胞突变基因和83个拷贝数变异的基因，具体见表1和表2：

表1检测体细胞突变的基因列表