[发明专利]一种用于预测原发性乳腺癌发生风险的DNA甲基化标记物及其筛选方法和应用在审
| 申请号： | 202010181207.9 | 申请日： | 2020-03-16 |
| 公开（公告）号： | CN111440869A | 公开（公告）日： | 2020-07-24 |
| 发明（设计）人： | 张红雨;全源;佟馨宇;李姜;黄清 | 申请（专利权）人： | 武汉百药联科科技有限公司;华中农业大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6886 | 分类号： | C12Q1/6886;C12N15/11;G16B20/20;G16B40/20 |
| 代理公司： | 广州三环专利商标代理有限公司 44202 | 代理人： | 颜希文 |
| 地址： | 430070 湖北省*** | 国省代码： | 湖北;42 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 用于 预测 原发性 乳腺癌 发生 风险 dna 甲基化 标记 及其 筛选 方法 应用 | ||
1.一种用于预测原发性乳腺癌发生风险的DNA甲基化标记物的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)对样本数据进行甲基化分析，获得与预测原发性乳腺癌发生风险相关的甲基化位点；
(2)获得针对所述甲基化位点的甲基化Beta值；
(3)基于所述甲基化位点的甲基化Beta值构建原发性乳腺癌发生风险预测模型，并通过计算比值比验证该模型的可行性；
(4)采用机器学习方法构建基于所述甲基化位点的原发性乳腺癌发生风险预测模型，计算比值比、AUC、召回率、精确率和F1值，与步骤(3)的预测模型进行相互验证；
(5)所述步骤(3)和步骤(4)的预测模型中甲基化探针对应的甲基化位点即为DNA甲基化标记物。
2.根据权利要求1所述的DNA甲基化标记物的筛选方法，其特征在于，与预测原发性乳腺癌发生风险相关的甲基化位点及其对应的甲基化探针如下表所示：
3.根据权利要求1所述的DNA甲基化标记物的筛选方法，其特征在于，所述步骤(4)中，使用随机森林方法，使用R语言平台及R studio工具进行数据分析，结合交叉验证，以混淆矩阵作为可视化工具，根据样本甲基化数据构建预测模型，与基于所述甲基化位点的甲基化Beta值构建原发性乳腺癌发生风险预测模型进行相互验证。
4.用于预测原发性乳腺癌发生风险的DNA甲基化标记物，其特征在于，选自以下CpG位点中的至少一个：10:12277929、10:12277911、10:12256556、10:12278542、10:12278166、10:12277918、10:12276839、10:12277559、10:12249674、10:12251484、10:12278347、10:12277764、10:12268313、10:12275299、10:12277961、10:12277807、10:12278371、10:12278305和10:12261333。
5.权利要求4所述的DNA甲基化标记物在制备预测或辅助预测原发性乳腺癌发生风险的试剂盒中的应用。
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