[发明专利]一种用于预测原发性乳腺癌发生风险的DNA甲基化标记物及其筛选方法和应用

说明书

本发明公开了一种用于预测原发性乳腺癌发生风险的DNA甲基化标记物及其筛选方法和应用。所述方法包括以下步骤：(1)对样本数据进行甲基化分析，获得与预测原发性乳腺癌发生风险相关的甲基化位点；(2)获得针对所述甲基化位点的甲基化Beta值；(3)基于所述甲基化位点的甲基化Beta值构建原发性乳腺癌发生风险预测模型，并通过计算比值比验证该模型的可行性；(4)采用机器学习方法构建基于所述甲基化位点的原发性乳腺癌发生风险预测模型，计算比值比、AUC、召回率、精确率和F1值，与步骤(3)的预测模型进行相互验证；(5)所述预测模型中甲基化探针对应的甲基化位点即为DNA甲基化标记物。本发明可提高原发性乳腺癌的检出率，适于大规模推广应用。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种用于预测原发性乳腺癌发生风险的DNA甲基化标记物及其筛选方法和应用。

背景技术

乳腺癌位居全球女性恶性肿瘤发病率首位，是全世界女性最常见的恶性肿瘤之一。根据2012年数据，乳腺癌发病共1,700,000例，死亡超过500,000例。在中国，每年约268,000名女性诊断为乳腺癌，其中约70,000例患者死于乳腺癌，约占全部女性新诊断恶性肿瘤的15％和女性癌症相关死亡人数的7％(Torre L A,Bray F,Siegel R L,et al.Globalcancer statistics,2012[J].CA:a cancer journal for clinicians,2015,65(2):87-108；J.A,Merino,Bonilla,et al.Breast cancer in the 21st century:From earlydetection to new therapies[J].Radiología(English Edition),2017.)。乳腺癌没有真正的低风险人群，是典型的全球性癌症(Boyle P,Howell A.The globalisation ofbreast cancer[J].Breast Cancer Research,2010,12(4Supplement).)。早期与中期乳腺癌患者以手术治疗为主，药物治疗和放射治疗为辅。晚期或转移的乳腺癌患者，大多以药物治疗为主(Arsenault J,Parpia S,Reiter H,et al.Acute toxicity and quality oflife of hypofractionated radiation therapy for breast cancer[J].InternationalJournal of Radiation Oncology·Biology·Physics,2015,93(3):S59.)。随着环境污染和人口老龄化等因素影响，乳腺癌发病率呈逐年升高的趋势，是发病率最高的女性恶性肿瘤。因此早期发现并及时治疗对于防治原发性乳腺癌非常重要。