[发明专利]结合结构搜索装置、结合结构搜索方法以及介质

权利要求书

1.一种被配置成搜索分子的稳定结合结构的结合结构搜索装置，其包括创建单元，

其中，将所述分子以至少一个分割点进行分割，并且视为具有包括一个分割点的一个线性分子单元和包括所述一个分割点的另一线性分子单元的结构，

线性分子单元和其他线性分子单元被布置在作为一组晶格的三维晶格空间的每个晶格点处，

包括相同分割点的线性分子单元被布置成彼此不交叠，并且还被布置成使得相同分割点位于相同晶格点处，并且

所述创建单元被配置成在所述三维晶格空间中创建所述分子的立体结构。

2.根据权利要求1所述的结合结构搜索装置，

其中，所述分子是具有分支结构的分子，

所述分割点是具有所述分支结构的分子中的分支点，并且

将具有所述分支结构的分子视为具有包括从所述分支点到分支端部的线性分子单元和包括从一个分支点到相邻的另一分支点的线性分子单元的结构。

3.根据权利要求1所述的结合结构搜索装置，其中，将所述线性分子单元视为由另外的多个小线性分子单元组成的结构。

4.根据权利要求1所述的结合结构搜索装置，还包括计算单元，所述计算单元被配置成通过针对所创建的所述分子的立体结构使用退火方法执行基态搜索来计算所述分子的具有最小能量的立体结构。

5.根据权利要求1所述的结合结构搜索装置，其中，所述分子为蛋白质。

6.根据权利要求5所述的结合结构搜索装置，其中，所述分割点位于所述蛋白质的主链上，并且所述线性分子单元是氨基酸残基或所述蛋白质的主链的一部分。

7.一种结合结构搜索方法，其是使用计算机来搜索分子的稳定结合结构的方法，所述方法包括：

将所述分子以至少一个分割点进行分割，并且视为由包括一个分割点的一个线性分子单元和包括所述一个分割点的另一线性分子单元组成的结构，

将所述线性分子单元和其他线性分子单元布置在作为一组晶格的三维晶格空间的每个晶格点处，

将包括相同分割点的线性分子单元布置成彼此不交叠，并且还进行布置使得所述相同分割点位于相同晶格点处，以及

在所述三维晶格空间中创建所述分子的立体结构。

8.一种其中存储有程序的非暂态计算机可读记录介质，所述程序使计算机执行用于搜索分子的稳定结合结构的处理，所述处理包括：

将所述分子以至少一个分割点进行分割，并且视为由包括一个分割点的一个线性分子单元和包括所述一个分割点的另一线性分子单元组成的结构，

将所述线性分子单元和其他线性分子单元布置在作为一组晶格的三维晶格空间的每个晶格点处，

将包括相同分割点的线性分子单元布置成彼此不交叠，并且进行布置使得所述相同分割点位于相同晶格点处，以及

在所述三维晶格空间中生成所述分子的立体结构。