[发明专利]结合结构搜索装置、结合结构搜索方法以及介质

说明书

本公开涉及结合结构搜索装置、结合结构搜索方法以及介质。结合结构搜索装置被配置成搜索分子的稳定结合结构，其包括创建单元，其中，将分子以至少一个分割点进行分割，并且视为具有包括一个分割点的一个线性分子单元和包括该一个分割点的另一线性分子单元的结构，线性分子单元和其他线性分子单元被布置在作为一组晶格的三维晶格空间的每个晶格点处，包括相同分割点的线性分子单元被布置成彼此不交叠，并且还被布置成使得相同分割点位于相同晶格点处，并且创建单元被配置成在三维晶格空间中创建分子的立体结构。

技术领域

本文讨论的实施方式涉及结合结构搜索装置、结合结构搜索方法及计算机可读记录介质。

背景技术

近年来，在诸如药物发现的场景中，可能需要通过使用计算器(计算机)来获得具有大尺寸的分子的稳定结构。然而，例如，在诸如蛋白质的大尺寸分子的情况下，在仔细考虑所有原子的计算中可能难以在实际时间内搜索到稳定结构。

因此，已经研究了通过粗略捕获分子的结构(粗粒化)来减少计算时间的技术。作为粗粒化分子结构的技术，例如，已知以下技术：在该技术中，通过对目标蛋白质和与其结合的肽分子执行粗粒化成为点(粒子)来处理形成每个分子的氨基酸残基中的每一个(例如，参见专利文献1)。

作为粗粒化分子结构的技术，例如，已经研究了以下技术：在该技术中，基于蛋白质中氨基酸残基的一维序列信息使分子结构经过粗粒化成为线性(一串)简单立方晶格结构，并将该分子结构作为晶格蛋白质处理。已经报道了通过在晶格蛋白质中使用量子退火技术来高速搜索稳定结构的技术(参见，例如，非专利文献1)。

在通过退火机在这样的晶格蛋白质中搜索稳定结构的技术中，由于所使用的硬件的限制，可能对可以处理的算术位或量子位的数目存在限制。在晶格蛋白质中搜索稳定结构所需的位数相对于蛋白质或肽的尺寸(氨基酸残基数)呈指数增加。

因此，在相关领域的上述技术中，由于对可以由要使用的硬件处理的位数的限制，作为稳定结构的搜索目标的蛋白质或肽氨基酸残基数可能受到限制。在相关领域的上述技术中，对可以同时处理形成蛋白质或肽的所有氨基酸的位数有要求，使得计算效率可能不佳。

相关领域的在晶格蛋白质中搜索稳定结构的技术仅考虑蛋白质的主链的结构来搜索结构。因此，在相关领域技术中可能没有考虑蛋白质的侧链的结构。

例如，在诸如药物发现的情况下，在搜索成为能够与目标蛋白质结合的药物候选的蛋白质或肽的稳定结构时，认为氨基酸的侧链的结构(位置)影响氨基酸的主链的可能结构。因此，例如，当将晶格蛋白质的技术应用于药物发现时，可能需要在不仅包括形成蛋白质的氨基酸的主链而且包括氨基酸的侧链的结构中搜索稳定的结构。

专利文献1：日本公开专利公布第2010-113473号。

非专利文献1：Babbush Ryan等，“晶格杂聚物模型的能量函数的构建：约束条件满足编程和绝热量子优化中的案例研究(Construction of Energy Functions for LatticeHeteropolymer Models：A Case Study in Constraint Satisfaction Programming andAdiabatic Quantum Optimization)”，化学物理学的进展，155，第201至244页)。

发明内容

技术问题

在一个方面，本实施方式的目的在于，提供一种能够减少在通过计算器搜索分子的稳定结合结构时使用的位数的结合结构搜索装置、结合结构搜索方法及结合结构搜索程序。

解决方案