[发明专利]一种用于预测肿瘤突变负荷的核酸组合物及其方法和设备

说明书

本发明公开了一种用于预测肿瘤突变负荷的核酸组合物及其方法和设备，涉及生物信息技术领域，具体地，用于预测肿瘤突变负荷的方法，通过检测9个基因的外显子和/或启动子及其上游区域，能够有效快速地预测待测样本的TMB状态。

技术领域

本发明涉及生物信息技术领域，具体而言，涉及一种用于预测肿瘤突变负荷的核酸组合物及其方法和设备。

背景技术

随着肿瘤免疫治疗的兴起，人们发现免疫治疗的效果在不同患者中的疗效不尽相同。例如，在非小细胞肺癌(Non-small cell lung cancer,NSCLC)患者中，相同病理类型的患者接受免疫治疗疗效存在较大差异，治疗客观有效率和患者生存期不尽一致。这促使医生需要一个可以量化的指标/标志物在病理上衡量特定患者对于肿瘤免疫疗法的敏感性。

目前，已经广泛应用的肿瘤免疫疗法标志物包括PD-L1免疫组化染色，微卫星不稳定性(Microsatellite instability，MSI)，错配修复缺陷(deficient Mismatch Repairprotein，dMMR)和肿瘤突变负荷(Tumor mutational burden，TMB)等等。

其中，TMB定义为每一百万碱基中非同义的体细胞突变，体细胞突变的检测方法对于准确测量TMB极其重要，在多个临床试验中，当肿瘤样本的TMB10时，称之为TMB-High(TMB-H)状态，反之为TMB-Low(TMB-L)状态。

TMB在很多种类的癌症中都具有指标意义，例如，肺癌、黑色素瘤和结直肠癌等等。当肿瘤呈现TMB-H状态时，对某些免疫治疗药物(Pembrolizumab等)敏感。

但迄今为止，大部分TMB的测定仍然依赖于全外显子组测序(WES)。虽然WES可以从理论上直接测量TMB，但是在实际临床过程中却很难应用，因为它耗时费力，并且成本高昂。

鉴于此，特提出本发明。

发明内容

本发明的目的在于提供用于预测肿瘤突变负荷的核酸组合物、用于预测肿瘤突变负荷的方法、设备和计算机可读介质。

本发明是这样实现的：

第一方面，实施例提供一种用于预测肿瘤突变负荷的核酸组合物，其包括探针组1～9；

其中，探针组1包括用于捕获KMT2D基因的外显子区域的探针；

探针组2～9分别包括用于捕获DUSP22、MYCT1、OR1C1、OR4D11、OR4M2、OR4N4、TMEM132C和ZNF595基因的启动子及其上游区域的探针。

第二方面，实施例提供一种用于预测肿瘤突变负荷的方法，所述方法包括采用如前述实施方式任一项所述的核酸组合物获取待测样本的肿瘤突变负荷。

第三方面，实施例提供一种用于预测肿瘤突变负荷的设备，其包括存储单元及与所述存储单元电连接的执行单元；

其中，所述存储单元，用于存储预测待测样本肿瘤突变负荷的预测模型；

所述执行单元，用于接收如前述实施方式任一项所述的核酸组合物中的探针组1～9分别获取的对应基因的突变总数，并通过预测模型计算所述待测样本的肿瘤突变负荷。

第四方面，实施例提供一种计算机可读介质，所述计算机可读介质存储有计算机程序，其中，所述计算机程序能被处理器执行以实现如前述实施方式任一项所述的方法的步骤。

本发明具有以下有益效果：

本发明实施例提供了一种用于预测肿瘤突变负荷的方法，该方法包括对目标基因及其区域进行选择限定，通过检测9个基因的外显子和/或启动子及其上游区域，以有效快速地预测待测样本的TMB状态。

附图说明