[发明专利]基于焦磷酸测序技术的FOXA1基因甲基化检测试剂盒及检测方法

权利要求书

1.一种基于焦磷酸测序技术检测FOXA1基因甲基化的引物，其特征在于：包括FOXA1基因甲基化测序引物FOXA1-mS1和/或FOXA1-mS2，该测序引物与FOXA1基因测序片段相匹配，测序引物的序列如下所示：

FOXA1-mS1：5’-TTTTTTTYGTTYGGGTGG-3’

FOXA1-mS2：5’-AGTTTTTTTTTTTYGTTTYG-3’。

2.根据权利要求1所述一种基于焦磷酸测序技术检测FOXA1基因甲基化的引物，其特征在于：所述测序引物FOXA1-mS1对应的测序程序编辑为：5’-YGTTGGGTTYGYGYGGGYGTTYGGGTGATTGTAGTTGTTTA-3’。

3.根据权利要求1所述一种基于焦磷酸测序技术检测FOXA1基因甲基化的引物，其特征在于：所述测序引物FOXA1-mS2对应的测序程序编辑为：5’-YGTYGYGYGGTYGTTYGTYGTTTYGTATAGGGTTGGATGGTTGTATTG-3’。

4.根据权利要求1所述一种基于焦磷酸测序技术检测FOXA1基因甲基化的引物，其特征在于：所述FOXA1基因测序片段采用FOXA1基因特异性扩增引物FOXA1-mF和FOXA1-mR扩增得到，扩增引物的序列如下所示：

FOXA1-mF：5’-GAGGTGGGTATTTAAGYGA-3’

FOXA1-mR：5’-CAATACAACCATCCAACCCTA-3’。

5.一种基于焦磷酸测序技术检测FOXA1基因甲基化的试剂盒，其特征在于：该试剂盒包括FOXA1基因特异性扩增引物和FOXA1基因甲基化测序引物；

所述扩增引物的序列如下所示：

FOXA1-mF：5’-GAGGTGGGTATTTAAGYGA-3’

FOXA1-mR：5’-CAATACAACCATCCAACCCTA-3’

所述测序引物的序列如下所示：

FOXA1-mS1：5’-TTTTTTTYGTTYGGGTGG-3’

FOXA1-mS2：5’-AGTTTTTTTTTTTYGTTTYG-3’。

6.根据权利要求5所述一种基于焦磷酸测序技术检测FOXA1基因甲基化的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒还包括样本DNA提取及DNA重亚硫酸盐转化试剂、扩增FOXA1基因测序片段的试剂和焦磷酸测序试剂。

7.根据权利要求5所述一种基于焦磷酸测序技术检测FOXA1基因甲基化的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒检测的CpG位点选自以下FOXA1基因位点中的一个或多个：foxA1 23、foxA1 32、foxA1 34、foxA1 36、foxA1 40、foxA1 44、foxA1 83、foxA1 86、foxA1 88、foxA190、foxA1 94、foxA1 98、foxA1 101、foxA1 106。

8.一种检测FOXA1基因甲基化的方法，其特征在于：包括以下步骤：

1)提取样本中的DNA；

2)对提取的DNA进行重亚硫酸盐转化；

3)以经步骤2)处理过的DNA为模板，使用FOXA1基因特异性扩增引物FOXA1-mF和FOXA1-mR进行PCR扩增，所述扩增引物的序列如下所示：

FOXA1-mF：5’-GAGGTGGGTATTTAAGYGA-3’

FOXA1-mR：5’-CAATACAACCATCCAACCCTA-3’；

4)使用以下的FOXA1基因甲基化测序引物FOXA1-mS1和/或FOXA1-mS2对步骤3)得到的扩增产物进行焦磷酸测序，从而获得FOXA1基因测序片段中CpG位点的甲基化状态：

FOXA1-mS1：5’-TTTTTTTYGTTYGGGTGG-3’

FOXA1-mS2：5’-AGTTTTTTTTTTTYGTTTYG-3’。