[发明专利]一种基于网络药理学分析马钱子活性成分镇痛作用的方法有效
申请号: | 202010251476.8 | 申请日: | 2020-04-01 |
公开(公告)号: | CN111462814B | 公开(公告)日: | 2023-02-17 |
发明(设计)人: | 邓志军;郭洁文;刘若轩 | 申请(专利权)人: | 广州市中医医院(广州市中医中药研究所) |
主分类号: | G16B15/30 | 分类号: | G16B15/30;G16H50/70;G16H70/40 |
代理公司: | 广州帮专高智知识产权代理事务所(特殊普通合伙) 44674 | 代理人: | 喻振兴 |
地址: | 512000*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 基于 网络 药理学 分析 马钱子 活性 成分 镇痛 作用 方法 | ||
1.一种基于网络药理学分析马钱子活性成分镇痛作用的方法,其特征在于,包括以下步骤:
S1、获取马钱子的化学成分与成分作用靶点:
以马钱子为关键词,利用BATMAN-TCM数据库检索马钱子现有活性化合物及其靶向基因,根据研究目标,设定筛选标准,获得符合条件的马钱子活性化合物及其靶向基因;
S2、识别疾病作用靶点:
利用DisGeNET数据库获得与疼痛相关的虚拟目标靶标基因,然后与S1获得符合条件的马钱子活性化合物的靶向基因进行交集,所得的交集基因即为药物-疾病交集靶基因;
S3、构建马钱子与疾病网络,以及筛选核心节点:
将S1获得符合条件的马钱子活性化合物及其靶向基因、S2得到的药物-疾病交集靶基因输入Cytoscape3.6.1软件中,利用Cytoscape3.6.1软件建立马钱子镇痛“成分-靶点-疾病”网络图,同时计算网络图中的所有节点,确定节点筛选条件,选取核心节点进行后续分析;所述网络图包括内环、中间环和外环,所述网络图由13个成分,26个靶点及6种与疼痛有关疾病的节点和74条边构成,其中所述内环的6个椭圆分别为6种与疼痛有关疾病的标识,所述中间环的26个椭圆分别为26个靶点的标识,所述外环的13个三角形分别为13个成分的标识;所述网络图显示毒蕈碱型胆碱受体M2(CHRM2)、烟碱型乙酰胆碱受体α7(CHRNA7)、5-羟色胺2A受体(HTR2A)和5-羟色胺2C受体(HTR2C)4个靶点的网络节点为网络枢纽节点;
S4、对核心节点进行富集分析而解析马钱子镇痛作用机制:
利用DAVID生物分子功能注释系统,对核心节点进行GO富集和KEGG通路注释分析,预测靶点功能分布,并根据富集因子分析核心通路富集程度,解析马钱子镇痛作用机制;
所述步骤S4包括:通过网络药理学研究获得马钱子镇痛通路;所述镇 痛通路包括钙信号通路和CGMP-PKG信号通路;
所述富集分析包括:将BATMAN-TCM所得马钱子活性成分镇痛靶点以DAVID进行GO富集分析,获取生物学过程、细胞组分和分子功能富集结果,获得的富集结果为:生物学过程中的转运、信号转导和小分子代谢过程作用突出;
通过所述KEGG通路注释分析得到共25条相关信息通路与目标成分预测靶点有关;其中10条相关信息通路频率较高,分为7类:信号转导相关通路有2条:钙信号通路和CGMP-PKG信号通路;与信号分子与相互作用相关的通路有1条:神经活性配体-受体相互作用;与生物系统相关通路有5条:心肌收缩、心肌细胞肾上腺素能信号转导、胆汁分泌、胆碱能突触和5-羟色胺能突触;与生物成分代谢相关通路有2条:氧化磷酸化和视黄醇代谢。
2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,S1中,所述的筛选标准为,阈值:scorecutoff20、P0.05。
3.如权利要求1所述的方法,其特征在于,S3中,通过Cytoscape软件计算网络图中所有节点的拓扑参数,选取degree,betweenness,closeness参数作为核心节点的筛选条件,选取核心节点进行后续分析。
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