[发明专利]菜豆炭疽病菌多基因谱系筛查方法

权利要求书

1.a)所示的物质在如下1)-7)至少一种功能或制备具有1)-7)至少一种功能的产品中的应用：

或，a)和b)所示的物质在如下1)-7)至少一种功能或制备具有1)-7)至少一种功能的产品中的应用：

a)所示的物质为检测如下基因序列的物质：ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS；

b)所示的物质为记载现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列的可读载体；

1)鉴定或区分刺盘孢属物种；

2)鉴定或辅助鉴定待测病原菌是否为刺盘孢属；

3)鉴定或辅助鉴定待测病原菌属于哪种刺盘孢属物种；

4)鉴定或辅助鉴定待测病原菌是否为菜豆炭疽病菌；

5)对待测病原菌进行刺盘孢属物种归属；

6)对待测病原菌进行刺盘孢属物种聚类；

7)鉴定或辅助鉴定待测样品中是否含有刺盘孢属物种。

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：

b)所示的物质中所述现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列来源于现有数据库中所有刺盘孢属物种模式和/或凭证模式的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat基因序列；

或b)所示的物质中所述现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列来源于现有数据库中所有刺盘孢属物种模式和凭证模式的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat基因序列和所述数据库中缺失的现有刺盘孢属物种中的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat基因序列。

3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于：

a)所示的物质中所述检测如下基因序列的物质：ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS包括特异捕获待测样本或待测病原菌中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因的物质。

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于：

所述特异捕获待测样本或待测病原菌中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因的物质包括用于扩增ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因的引物对。

5.一种具有1)-7)至少一种功能的产品，为权利要求1-4中任一所述的应用中的a)所示的物质，或，权利要求1-4中任一所述的应用中的a)和b)所示的物质；

1)鉴定或区分刺盘孢属物种；

2)鉴定或辅助鉴定待测病原菌是否为刺盘孢属；

3)鉴定或辅助鉴定待测病原菌属于哪种刺盘孢属物种；

4)鉴定或辅助鉴定待测病原菌是否为菜豆炭疽病菌；

5)对待测病原菌进行刺盘孢属物种归属；

6)对待测病原菌进行刺盘孢属物种聚类；

7)鉴定或辅助鉴定待测样品中是否含有刺盘孢属物种。

6.一种检测或辅助检测待测样本中是否含有刺盘孢属物种的方法，包括如下1)-3)的步骤：

1)捕获待测样本基因组中的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因，测序，得到待测样本中各个基因的序列；

2)将所述待测样本中各个基因的序列与权利要求1-4任一中的所述现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列构建系统发育树，若待测样本归属于系统发育树中某支，则该待测样本含有或候选含有该支对应的刺盘孢属物种；若待测样本不归属于所述系统发育树中任何支，则该待测样本不含有或候选不含有刺盘孢属。