[发明专利]菜豆炭疽病菌多基因谱系筛查方法

说明书

本发明公开了刺盘孢属的多基因谱系筛查数据库的制备与应用。本发明提供了a)和b)所示的物质在鉴定或区分刺盘孢属物种中的应用，a)所示的物质为检测待测样本或待测病原菌中如下基因序列的物质：ITS、GAPDH、CHS‑1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS；b)所示的物质为现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS‑1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列；本发明采用ITS、GAPDH、CHS‑1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列进行进化树的构建和同源性比对，能够检测菜豆炭疽病菌，在检疫口岸，能够对含有刺盘孢属真菌的样品进行快速准确筛查，防止病菌随种子及其它繁殖材料进出口、调运而传播蔓延，以保护我国农业生产的健康发展，具有重要的意义。

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及刺盘孢属的多基因谱系筛查数据库的制备与应用，尤其涉及菜豆炭疽病菌多基因谱系筛查方法。

背景技术

刺盘孢属目前包含约230个系统发育地位明确的物种，绝大多数为植物病原真菌，可以侵害多种农作物、经济作物和观赏植物等，形成以炭疽病为主的多种病害，造成巨大的经济损失。刺盘孢属病菌是我国检疫口岸检出频次最高的有害植物病原真菌之一，2007–2017年刺盘孢属的检出率约占植物病原真菌总检出率的7％，检出次数位列第4。区分和鉴定刺盘孢属真菌对口岸检疫人员来说不仅任务繁重，而且是一个很大的挑战。有些农作物或经济作物可同时受多种刺盘孢属物种侵染，且每种病原菌均能导致严重病害并造成巨大损失，其中菜豆炭疽病菌Colletotrichum lindemuthianum是危害蚕豆、豇豆、豌豆、绿豆、扁豆的重要病害，菜豆生长期内产生，于各地普遍发生分布广、为害重，尤其在温凉多雨地区和季节发病最重，严重影响其品质和商品性。因此，建立一个特异的、灵敏快速的检测方法对防治该病害至关重要。

目前，有一些分子方法用于刺盘孢属某些物种的特异性检测和鉴定，但是，这些方法每次只能检测一种病原真菌。到目前为止，还没有一个用于刺盘孢属属水平真菌的筛查。因此，建立刺盘孢属水平病原菌快速和有效的分子检测方法在实践和应用研究中是十分必要的，尤其是菜豆炭疽病菌更为必要。

发明内容

本发明一个目的是提供a)所示物质或者a)和b)所示的物质的应用。

本发明提供了a)所示的物质在如下1)-7)至少一种功能或制备具有1)-7)至少一种功能的产品中的应用：

或，a)和b)所示的物质在如下1)-7)至少一种功能或制备具有1)-7)至少一种功能的产品中的应用：

a)所示的物质为检测如下基因序列的物质：ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS；

b)所示的物质为记载现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列的可读载体；

1)鉴定或区分刺盘孢属物种；

2)鉴定或辅助鉴定待测病原菌是否为刺盘孢属；

3)鉴定或辅助鉴定待测病原菌属于哪种刺盘孢属物种；

4)鉴定或辅助鉴定待测病原菌是否为菜豆炭疽病菌；

5)对待测病原菌进行刺盘孢属物种归属；

6)对待测病原菌进行刺盘孢属物种聚类；

7)鉴定或辅助鉴定待测样品中是否含有刺盘孢属物种。