[发明专利]确定蛋白质和肽的异构氨基酸残基的方法

权利要求书

1.一种用于确定肽的异构氨基酸残基的方法，包括以下步骤：

-采集所述肽的碎片质谱；

-使用所述碎片质谱确定所述肽的前导序列，所述前导序列包括确定的氨基酸残基的位置和至少一个具有未确定的异构氨基酸残基的位置；以及

-实验法确定在气相中的所述肽的离子迁移率或碰撞截面；

并且进一步包括以下步骤：

-生成在至少一个位置具有不同异构氨基酸残基的候选肽的列表；以及

-将所述候选肽的预定或预测的离子迁移率或碰撞截面与所述肽的实验法确定的离子迁移率或碰撞截面进行比较，并且将最佳匹配的候选肽的异构氨基酸残基分配给所述肽的异构氨基酸残基。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述异构氨基酸残基涉及亮氨酸/异亮氨酸、顺式脯氨酸/反式脯氨酸、天冬氨酸/异天冬氨酸、α-谷氨酸/γ-谷氨酸、对映体氨基酸残基中的一者。

3.根据权利要求1所述的方法，其中通过使用离子迁移率分离器或离子迁移率谱仪，从而实验法确定气相中的所述肽的离子迁移率或碰撞截面。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述离子迁移率分离器或离子迁移率谱仪为漂移型离子迁移率分离器/谱仪、行波离子迁移率分离器/谱仪、俘获型离子迁移率分离器/谱仪(TIMS)、差分迁移率分离器/谱仪(DMS)和场不对称离子迁移率分离器/谱仪(FAIMS)中的一者。

5.根据权利要求1所述的方法，其中通过监督式机器学习算法预测离子迁移率或碰撞截面。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述监督式机器学习算法为人工神经网络或支持向量回归。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述肽的质量由所述肽的所述碎片质谱或由另外采集的质谱通过实验法确定，并且用于确定所述肽的所述前导序列。

8.根据权利要求1所述的方法，其中通过在溶液中酶法消化蛋白质，从而生成所述肽。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述酶法消化为胰蛋白酶消化。

10.根据权利要求8所述的方法，其中在采集所述肽的所述碎片离子质谱之前，通过色谱法或电泳将所述肽与所述蛋白质的其他消化肽分离。

11.根据权利要求1所述的方法，其中通过在气相中使蛋白质碎片化从而生成所述肽。

12.根据权利要求11所述的方法，其中在将所述蛋白质转移到所述气相中并且进行碎片化之前，在液相中通过色谱法或电泳将所述蛋白质与其他蛋白质分离。

13.根据权利要求11所述的方法，其中在所述蛋白质碎片化之前，在气相中通过离子迁移率将所述蛋白质与其他蛋白质分离。

14.根据权利要求8至13中任一项所述的方法，其中所述蛋白质为抗体、或包括抗体或抗体的片段的构建体。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述抗体为单克隆抗体。

16.根据权利要求14所述的方法，其中肽的异构氨基酸残基的确定是所述蛋白质的生产的质量控制的一部分。

17.根据权利要求1所述的方法，其中通过将所述肽的所述碎片质谱与前导序列已知的文库肽的碎片质谱进行匹配，从而确定所述肽的前导序列。

18.根据权利要求17所述的方法，其中通过使用碰撞诱导解离(CID)、表面诱导解离(SID)和红外多光子解离(IRMPD)中的一者使所述肽碎片化。