[发明专利]一种与稻米回生性紧密连锁的SNP位点及其分子标记和应用

说明书

本发明公开了一种与水稻回生性紧密连锁的SNP位点及其分子标记和应用。该SNP位点位于如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列中，该基因命名为OsRTG1，其包含3400bp的基因组序列，含有34个SNP位点。本发明提供一种与稻米回生性连锁的基因组位点，基于这些单碱基多态性，可开发相应的分子标记，利用少量水稻种子或叶片等组织提取的DNA，对稻米回生性进行分子检测和辅助育种选择，实现低世代、小样品、高效率的检测。

技术领域

本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种与水稻回生性紧密连锁的 SNP位点及其分子标记和应用。

背景技术

淀粉是人类食物中最重要的一种生物大分子聚合物，不仅处于世界粮食 和食物链的中心地位，也是一种极为重要的生物可再生能源。水稻是生产高 含量淀粉的禾谷类主要农作物之一，其含量高达70％以上的稻米淀粉是米饭 及其它稻米食品的主要构成部分。由于稻米淀粉具有明显的回生特性，不仅 影响稻米食品(米饭、方便米饭、米线、米粉、米糕、汤圆、炸糕等)的质构 品质、耐贮藏性及风味等，也成为制约稻米食品产业化生产的瓶颈之一，因 为回生是引起冷饭变硬、大米制品冷藏后硬化、含淀粉食品储藏期内变质等 现象的主要原因，严重阻碍稻米深加工，已成为稻米工业化深加工的瓶颈之 一，开展淀粉抗回生特性研究具有重要意义。

淀粉回生现象作为淀粉理论研究中的一个难点，已成为国际上淀粉研究 领域的热点问题。淀粉回生的本质为糊化淀粉分子由无序态向有序态的转化 过程。该现象分为短期回生和长期回生，分别由直链淀粉和支链淀粉引起。 在冷藏温度下直链淀粉和支链淀粉相互聚集，分子侧链趋向于平行排列，通 过氢键结合而互相靠拢，将淀粉糊中水分挤出，重新组成混合微晶束，从而 使淀粉硬度增加。淀粉回生的本质为糊化淀粉分子由无序态向有序态的转化 过程。

淀粉品质按用途来评价，食用稻米一般要求直链淀粉含量高，质地软， 食味较好；而制作米粉罐头或耐贮糕点，往往需要支链淀粉含量较高，以利 于加工和贮藏。支链淀粉含量是决定稻米淀粉质量的重要因素，但其结构(分 支频率、链长和链长分布等)则是造成直链淀粉含量相同或相似品种间品质差 异的主要原因。支链淀粉如果缺乏中等长度葡聚糖链分支，胚乳淀粉糊化温 度则降低。因此，淀粉回生特性研究是改良淀粉品质以满足食品加工和人民 生活多样化需求，以及提供新型淀粉原料的科学基础。

研究稻米回生性的传统理化方法要经过：稻谷脱壳、糙米超微粉 碎、碱法提取淀粉、碱性蛋白酶和脂肪酶纯化分离大米淀粉、淀粉回 生率测定等过程，测试稻谷用量大，在水稻育种早期或低世代难以进 行。

碱法提取工艺条件为:NaOH浓度为0.05mol/L，料液比1:6，提取 温度50℃，5h。酶法纯化大米淀粉:pH7，酶解温度37℃，酶与底物 比1500U/g淀粉，时间60min酶用量0.1g/100g大米淀粉，酶解6h， pH8。碱性蛋白酶酶解条件为：pH9，酶解温度45℃，酶与底物比20000U/g，时间60min酶用量0.3g/100g大米淀粉，酶解6h，pH8。

淀粉回生率测定：10g淀粉加入100mL蒸馏水混合搅匀，95℃ 水浴锅中糊化30min，在高压锅内120℃中加热30min，冰柜中老化 24h，分别加入0.6mLα-淀粉酶(20000U/mL)，在95℃水浴锅中酶解 30min，离心，倒掉上层清液后加蒸馏水搅拌后离心，再加蒸馏水搅 拌离心，重复3次后，将沉淀放入蒸发皿中，干燥称质量即为回生淀 粉，淀粉回生率＝(酶解后所得回生淀粉/原淀粉)×100％。