[发明专利]用于减少偏向性的多核苷酸衔接子设计

说明书

本发明的发明名称为用于减少偏向性的多核苷酸衔接子设计。提供了组合物和使用方法，该组合物和使用方法允许衔接子与小RNA的有效连接等。组合物的实施方式包括用作3′衔接子的部分双链多核苷酸，其包含位于单链区和双链区之间的可切割的接头。在连接3′衔接子后，通过切割可切割的接头释放单链区。

交叉引用

本申请要求2019年4月26日提交的美国临时申请号62/839,191和2020年2月20日提交的美国申请号16/796,113的优先权，在此将其整体引入作为参考。

背景技术

衔接子与RNA文库中的一些单链RNA(而不与其他)的优先连接导致文库组成的不准确概况分析(profile)。为了减少偏向性(bias)，可以使用具有充当夹板(splint)的单链延伸部的衔接子。然而，这种衔接子可以因其相对于靶RNA的过量浓度而容易彼此部分连接。当靶RNA很小时，衔接子二聚体的形成特别成问题，因为连接假象如衔接子二聚体可能不容易基于大小而与靶RNA区分。因此，诸如电泳的标准尺寸分离技术是无效的。因此，目前的方法受到低灵敏度和高偏向性的挑战，限制了其捕获细胞小RNA群体的准确表示的能力。一些类别的小RNA(sRNA)在3’端核苷酸的核糖部分上包含2’-O-甲基化(2’OMe)修饰。这种修饰稳定化sRNA，并且存在于内源性siRNA、植物miRNA和动物piRNA中(Ghildiyal等(2009)Nature Reviews Genetics，10，94–108)。2’OMe修饰严重影响与单链DNA(ssDNA)衔接子的连接效率，以及模板切换方法所需的3’多腺苷酸化或多尿苷化的效率(Munafo等，(2010)RNA，16，2537–2552)。与结构和序列偏向性相结合，这种修饰可使2’OMe修饰的RNA的测序和发现困难，并且测序文库对修饰的sRNA具有偏见(Dard-Dascot等，(2018)BMC Genomics，19，118)。sRNA是基因表达的重要调节因子并且涉及人类发育和疾病。下一代测序(NGS)允许sRNA的可伸缩、基因组范围的研究，条件是衍生自sRNA群体的文库制备物代表组分RNA。现有的单链衔接子的连接效率和连接偏向性根据靶标和衔接子的序列而变化。不同的衔接子序列可以引起文库内容的巨大变化(Jayaprakash等(2011)Nucleic Acids Research，39，e141–e141；Baran-Gale等，(2015)，Frontiers in Genetics，6，352；和McLaughlin等，(1982)，125，639–643)。

发明内容