[发明专利]一种高通量的病原体微生物基因检测筛查方法

权利要求书

1.一种高通量的病原体微生物基因检测筛查方法，其特征在于，包括：

S1：设计探针；

S2：芯片合成；

S3：提取样品中的DNA或RNA；

S4：文库构建；

S5：文库目标区域杂交捕获和测序；

S6：采用高通量测序平台检测；

S7：进行生信分析，采用Samtools来计算病原体基因组序列每个位点的深度；与探针目标区域重叠的序列被视为“目标序列”；相反，则被视为“非目标序列”。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，选择目标病原体微生物作为筛查对象，运用生物信息学方法，选择该病原体基因组上的物种特异序列，并以此区域设计探针序列。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，每种微生物设计1-100条探针，探针合成后，等摩尔体积混合，得到液相检测芯片。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述样品为血液样品，样品采集和分离后得到cfDNA。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述S4包括：

S41：分别取cfDNA进行QuantiFluor^TM-ST(Promega)定量和Agilent 2100检测质量；

S42：以cfDNA作为样本，使用二代构建文库测序试剂盒分别制备基因组DNA文库和cfDNA文库。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述S42依次包括以下步骤：

末端补平、补平后纯化、加A尾、加A尾后纯化、加单分子标记接头、加接头后磁珠纯化、文库扩增、文库鉴定和文库纯化步骤。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述高通量测序平台为illumine X-Ten。

8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述S7包括：

S71：对下机数据进行数据分析，先进行数据拆分，再对数据进行质量值过滤，去除低质量数据；

S72：将测得序列的K-mers比对到所有参考基因组，将Kraken用作分类学分类器；根据kraken的算法，建立自定义分类，得到数据库；

S73：采用Samtools来计算病原体基因组序列每个位点的深度；得到目标序和“非目标序列”；

S74：使用自定义脚本来计算探针目标区域的覆盖范围以及非目标区域的序列数；如果一个病原体的序列同时出现在目标区域和非目标区域，则认定为阳性。

9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述病原体为BK病毒。

10.根据权利要求1-9任一项所述的方法在病原体检测中的应用。