[发明专利]用于检测TPMT基因多态性的引物组及其应用方法

说明书

本发明提供了用于检测TPMT基因多态性的引物组及其应用方法，包括下述三个引物对中的至少一个引物对：用于检测TPMT基因的rs1800462位点的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；用于检测TPMT基因的rs1800460位点的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；用于检测TPMT基因的rs1142345位点的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示。本方案能够提高TPMT基因多态性的检测通量。

技术领域

本发明涉及基因检测技术领域，特别涉及用于检测TPMT基因多态性的引物组及其应用方法。

背景技术

硫嘌呤类药物早已在临床广泛应用。其中，硫鸟嘌呤和6-巯基嘌呤用于炎症性肠病(IBD)稳定期的诱导和维持治疗，同时也是治疗儿童急性淋巴细胞白血病(ALL)最为广泛应用的药物之一，前体硫唑嘌呤则在自身免疫性疾病和器官移植后排斥反应的治疗中发挥着重要的作用。巯基嘌呤甲基转移酶(Thiopurine S-methyltransferase，TPMT)是硫嘌呤类药物在体内代谢的关键酶，其活性的高低可直接影响该类药物的临床疗效和毒性程度。

目前，常规PCR测序法的每个PCR反应通常针对TPMT基因的一个多态性位点进行基因突变检测，故TPMT基因多态性的检测通量低。

发明内容

本发明实施例提供了用于检测TPMT基因多态性的引物组及其应用方法，能够提高TPMT基因多态性的检测通量。

为了达到上述目的，本发明是通过如下技术方案实现的：

目前，由于TPMT基因的rs1800462位点、rs1800460位点和rs1142345位点是导致TPMT活性下降的主要SNP或单倍型，因此，可针对TPMT基因的上述SNP位点来设计特异性扩增基因热点突变位点区域的上下游引物。

本发明提供了用于检测TPMT基因多态性的引物组，包括：下述三个引物对中的至少一个引物对：

用于检测TPMT基因的rs1800462位点的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；

用于检测TPMT基因的rs1800460位点的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；

用于检测TPMT基因的rs1142345位点的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示。

通过上述引物对组成的引物组，可提高TPMT基因多态性检测的准确性，并且还可以最大程度提高TPMT基因多态性的检测通量。

具体地，使用上述引物组进行多重PCR扩增反应时，TPMT基因的rs1800462位点、rs1800460位点和rs1142345位点可在一个扩增体系中进行扩增。通常情况下，利用上游引物SEQ ID NO.1和下游引物SEQ ID NO.2来扩增TPMT基因的rs1800462位点时，相应扩增产物的片段长度为587bp；利用上游引物SEQ ID NO.3和下游引物SEQ ID NO.4来扩增TPMT基因的rs1800460时，相应扩增产物的片段长度为389bp；利用上游引物SEQ ID NO.5和下游引物SEQ ID NO.6来扩增TPMT基因的rs1142345时，相应扩增产物的片段长度为1374bp。

也就是说，本方案可以一次检测上述三个引物对中的任意一个引物对扩增产生的核酸片段，也可以一次检测检测多个引物对扩增产生的核算片段。