[发明专利]一种基于深度测序的适用于HIV-1蛋白酶劣势耐药毒株检测方法

权利要求书

1.用于HIV PR耐药基因检测的引物组，由如下组成：

引物1：如SEQ ID No.1所示单链DNA；

引物2：如SEQ ID No.2所示单链DNA；

引物3：如SEQ ID No.3所示单链DNA；

引物4：如SEQ ID No.4所示单链DNA；

引物5：如SEQ ID No.5所示单链DNA；

引物6：如SEQ ID No.6所示单链DNA；

引物7：在SEQ ID No.7的5’末端连接一种Barcode序列后所示单链DNA；

引物8：在SEQ ID No.8的5’末端连接另一种Barcode序列后所示单链DNA。

2.根据权利要求1所述的引物组，其特征在于：在所述引物组中，所述引物1、所述引物2、所述引物3、所述引物4、所述引物5和所述引物6的摩尔比为1:1:1:1:2:2。

3.用于HIV PR耐药基因检测的试剂盒，含有权利要求1或2所述引物组和如下中至少一种：逆转录酶、DNA聚合酶和dNTP。

4.权利要求1或2所述引物组或权利要求3所述试剂盒在如下任一中的非疾病诊断治疗应用：

（a1）制备用于检测针对HIV-1 PIs的劣势耐药毒株的产品，或检测针对HIV-1 PIs的劣势耐药毒株；

（a2）制备用于检测HIV-1 PR耐药基因变异的产品，或检测HIV-1 PR耐药基因变异。

5.方法，为方法A1或方法A2：

方法A1：一种用于提高针对HIV-1 PIs的劣势耐药毒株的检测效率的样品前处理方法；

方法A2：一种用于提高HIV-1 PR耐药基因变异的检测效率的样品前处理方法；

所述方法A1和所述方法A2，均包括如下步骤：

（b1）从待测样本中提取RNA作为模板，将权利要求1中所述引物1、所述引物2、所述引物3、所述引物4、所述引物5和所述引物6配伍形成引物组合，进行cDNA的合成和巢式PCR的第一轮扩增，得到第一轮PCR扩增产物；

（b2）以所述第一轮PCR扩增产物为模板，以权利要求1中所述引物7和所述引物8进行巢式PCR的第二轮扩增，得到第二轮PCR扩增产物，即为处理后样本；

所述方法A1和所述方法A2均为非疾病诊断治疗方法。

6.方法，为方法B1或方法B2：

方法B1：一种检测针对HIV-1 PIs的劣势耐药毒株的方法；

方法B2：一种检测HIV-1 PR耐药基因变异的方法；

所述方法B1和所述方法B2，均包括如下步骤：

（b1）从待测样本中提取RNA作为模板，将权利要求1中所述引物1、所述引物2、所述引物3、所述引物4、所述引物5和所述引物6配伍形成引物组合，进行cDNA的合成和巢式PCR的第一轮扩增，得到第一轮PCR扩增产物；

（b2）以所述第一轮PCR扩增产物为模板，以权利要求1中所述引物7和所述引物8进行巢式PCR的第二轮扩增，得到第二轮PCR扩增产物；

（b3）将所述第二轮PCR扩增产物进行高通量测序，从测序结果中获得针对HIV-1 PIs的劣势耐药毒株信息或HIV-1 PR耐药基因变异信息；

所述方法B1和所述方法B2均为非疾病诊断治疗方法。

7.根据权利要求5或6所述的方法，其特征在于：在步骤（b1）中，进行所述cDNA的合成和巢式PCR的第一轮扩增时，所述引物1、所述引物2、所述引物3、所述引物4、所述引物5和所述引物6的摩尔比为1:1:1:1:2:2。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于：在步骤（b1）中，进行所述cDNA的合成和巢式PCR的第一轮扩增时，所述引物1、所述引物2、所述引物3、所述引物4在反应体系中的终浓度均为0.1μM，所述引物5和所述引物6在反应体系中的终浓度均为0.2μM。