[发明专利]一种小麦粒长相关SNP标记及其应用

说明书

本发明公开了一种小麦粒长相关SNP标记及其应用，涉及的是小麦分子育种的技术领域，包括位于小麦7A染色体450729566bp处的SNP标记，且这一SNP标记的核苷酸为G/C，以及利用上述SNP标记判断小麦粒长的方法，包括提取小麦DNA，并利用对应的引物对进行扩增，对扩增产物酶切，根据酶切结果判断小麦粒长的类型；本发明为小麦粒长选型提供了一种新的检测手段，检测方法简便，有助于提高分子标记选择的目标性和针对性，从而提高小麦高产分子育种的效率。

技术领域

本发明涉及的是小麦分子育种的技术领域，尤其涉及的是一种小麦粒长相关SNP标记及其应用。

背景技术

小麦是我国主要的粮食作物之一。随着人口的增长、耕地面积的减少，提高产量是我国小麦育种的重要目标。千粒重是构成小麦产量的三要素之一，粒长、粒宽和粒厚是决定千粒重高低的重要因子(Campbell等，1999；陈佳慧等，2011)。研究表明，千粒重与粒长和粒宽呈极显著正相关(Li等2019)。因此，鉴定粒长相关主效位点，并开发与其紧密连锁的分子标记，有助于加快高产小麦新品种的分子标记辅助选育进程。

据资料报道，小麦粒长相关QTL主要分布于1B、2A、2B、2D、3A、3B、5A、6B、7A、7B和7D等染色体(Campbell et al.1999；Tyagi et al.2015；郭利建等，2017)。部分粒长相关基因在小麦中也被克隆，如Guo et al.(2013)在小麦6D染色体上克隆了控制籽粒长宽比等粒重相关性状的谷氨酰胺合成酶基因TaGS1a,并开发了CAPS标记；Zhang et al.(2014)在小麦7D染色体上克隆了控制水稻粒长、粒重基因OsGS3的同源基因TaGS-D1；Dong et al.(2014)在小麦7A染色体中同源克隆了与千粒重和粒长相关的Snakin/GASA基因家族成员TaGASR7-A1；Ma et al.(2015)在小麦3A染色体上克隆了水稻中与细胞分化有关的OsGS5的同源基因TaGS5-3A，其与小麦粒长和粒重显著关联；Yang et al.(2019)也通过同源克隆的手段在小麦中分离了水稻GL3基因的同源基因TaGL3-5A，并开发了KASP标记，其与小麦千粒重和粒长显著相关。

然而，粒长形成的分子遗传机理仍不清楚，挖掘控制粒长的新位点和新基因，开发与其紧密连锁的分子标记，有助于加快小麦高产基因聚合育种进程。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术的不足，提供一种小麦粒长相关SNP标记及其应用，以从不同小麦材料中鉴定更多的粒长新位点；

本发明的另一个目的在于提供一种利用上述SNP标记进行小麦粒长鉴定的方法，以解决小麦粒长无法迅速鉴定的问题。

本发明提供一种与小麦粒长相关的SNP标记，所述SNP标记位于小麦7A染色体450729566bp处，且这一SNP标记的核苷酸为G/C。

本发明还提供一种鉴定小麦粒长的方法，该方法包括以下步骤：

步骤1、提取待测小麦基因组DNA

步骤2、利用SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所述的序列对步骤1获得的小麦基因组DNA进行PCR扩增，获得扩增产物；

步骤3、利用限制性内切酶RsaI对所述扩增产物进行酶切，获得酶切产物；

步骤4、当步骤2获得的扩增产物可被酶切时，其对应的小麦为长粒小麦，若步骤2获得的扩增产物不可被酶切时，其对应的小麦为短粒小麦。

进一步，步骤2的PCR扩增体系配置：1μL 2.5mM dNTP，0.25μL 10μM引物，1μL 10×EasyTaq Buffer，0.5U EasyTaq，100ng DNA模板，用双蒸馏水补齐到10μL；