[发明专利]用于检测肿瘤突变负荷的方法、计算设备和计算机存储介质

权利要求书

1.一种用于检测肿瘤突变负荷的方法，包括：

获取待测对象的血液样本的循环肿瘤基因(ctDNA)测序结果；

基于所述ctDNA测序结果，确定与每个位点相关联的突变碱基类型和突变频率，以便生成所述待测对象的突变位点信息；

比较所述待测对象的突变位点信息和健康对象突变位点数据集，以便生成差异突变位点集合，所述健康对象突变位点数据集是基于多个健康对象的ctDNA测序结果而生成的；

确定所述待测对象的点突变和短插入/缺失变异信息；以及

利用所述差异突变位点集合，针对所确定的点突变和短插入/缺失变异信息进行过滤，以便确定用于检测肿瘤突变负荷的阳性突变位点的数量，

其中确定用于检测肿瘤突变负荷的阳性突变位点的数量包括：

针对经过滤而被留下的突变位点，获取探针文件的对应区域突变位点；

去除对应区域突变位点中的驱动基因；以及

基于经去除驱动基因的对应区域突变位点和预定突变频率阈值，确定阳性突变位点的数量。

2.根据权利要求1所述的方法，其中比较所述待测对象的突变位点信息和健康对象突变位点数据集以便生成差异突变位点集合包括：

针对所述待测对象的突变位点中的每个位点在健康对象突变位点数据集中出现的次数和出现的变异reads数量进行比较，以便过滤所述待测对象的突变位点；

基于与经过滤的所述待测对象的突变位点相对应的健康对象突变位点，生成与相对应的健康对象突变位点相关联的第一韦伯分布数据；

基于与经过滤的所述待测对象的突变位点，生成与所述待测对象的所述突变位点相关联的第二韦伯分布数据；以及

响应于确定所述第二韦伯分布数据与所述第一韦伯分布数据之间的差值大于或者等于预定差异阈值，保留所述待测对象的突变位点，以便基于被保留的所述待测对象的所有突变位点来生成所述差异突变位点集合。

3.根据权利要求1所述的方法，其中针对所确定的点突变和短插入/缺失变异信息进行过滤包括：

确定与所述点突变和短插入/缺失变异相关联的突变位点是否属于所述差异突变位点集合；以及

响应于确定与所述点突变和短插入/缺失变异相关联的突变位点属于所述差异突变位点集合，留下与所述点突变和短插入/缺失变异相关联的突变位点。

4.根据权利要求3所述的方法，其中针对所确定的点突变和短插入/缺失变异信息进行过滤还包括：

确定所留下的突变位点是否属于预定的SNP数据集合；

响应于确定所留下的突变位点属于预定的SNP数据集合，则留下所述突变位点。

5.根据权利要求4所述的方法，其中针对所确定的点突变和短插入/缺失变异信息进行过滤还包括：

基于突变位点的支持读长(reads)数量、测序深度和突变频率中的至少一项，对所留下的、与所述点突变和短插入/缺失变异相关联的突变位点进行过滤。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述预定突变频率阈值经由以下确定：

响应于确定所述突变碱基类型为短插入/缺失，确定对应突变位点是否发生在poly区域；以及

响应于确定所述对应突变位点发生在poly区域，使得所述预定突变频率阈值大于或者等于预定值。

7.根据权利要求1所述的方法，其中确定用于检测肿瘤突变负荷的阳性突变位点的数量包括：

利用突变位点所在reads、reads的比对质量、突变位点碱基的质量、突变reads的正向和方向比值、reads末端走向、同一位点多种突变数据、突变reads和对应配对reads所覆盖长度、突变reads上不匹配参考基因组碱基数目与总reads碱基数目比值中的多项，基于对应区域突变位点，确定阳性突变位点；以及

基于所确定的阳性突变位点的个数和探针的长度，确定肿瘤突变负荷值。