[发明专利]用于检测肿瘤突变负荷的方法、计算设备和计算机存储介质

说明书

本公开涉及一种用于检测肿瘤突变负荷的方法、计算设备和计算机存储介质。该方法包括：获取待测对象的血液样本的循环肿瘤基因(ctDNA)测序结果；基于ctDNA测序结果，确定与每个位点相关联的突变碱基类型和突变频率，以便生成待测对象的突变位点信息；比较待测对象的突变位点信息和健康对象突变位点数据集，以便生成差异突变位点集合，健康对象突变位点数据集是基于多个健康对象的ctDNA测序结果而生成的；确定点突变和短插入/缺失变异信息；以及利用差异突变位点集合，针对所确定的点突变和短插入/缺失变异信息进行过滤，以便确定阳性突变位点的数量。本公开能够准确、便捷以及稳定地检测肿瘤突变负荷。

技术领域

本公开总体上涉及生物信息处理，并且具体地，涉及用于检测肿瘤突变负荷的方法、计算设备和计算机存储介质。

背景技术

肿瘤突变负荷(TumorMutationBurden，TMB)是一种可定量的生物标志物，用于指示肿瘤细胞中所含有的突变数目，其通常用肿瘤细胞基因组编码区的每百万碱基的突变数来衡量。用于检测肿瘤突变负荷的突变类型主要指单核苷酸的变异(SNV)和小片段的插入/缺失(或称短插入/短缺失，Indel)。研究表明，TMB值的高低和肿瘤患者免疫治疗疗效具有相关性，例如，TMB水平与免疫检查点抑制剂治疗的响应率有显著的正相关关系。因此准确地检测TMB对于确定肿瘤患者的免疫治疗有一定指导作用。例如，如果所检测的TMB值较低时，免疫检验点抑制剂效果不佳，因此不倾向采用免疫治疗，而倾向采用靶向治疗或其它疗法；而如果所监测的TMB值较高时，免疫检验点抑制剂效果较好。传统的检测肿瘤突变负荷的方案主要是基于患者的实体肿瘤组织的测序数据，来计算单位长度基因中的点突变和短插入/缺失突变的个数。

在传统的检测肿瘤突变负荷的方案中，由于存在部分患者无法获得实体肿瘤组织的情况，因此难以通过针对患者的实体肿瘤组织样本进行测序的方式来检测肿瘤突变负荷值。

发明内容

本公开提供一种用于检测肿瘤突变负荷的方法、计算设备和计算机存储介质，能够准确、便捷并稳定地检测肿瘤突变负荷。

根据本公开的第一方面，提供了一种用于检测肿瘤突变负荷的方法。该方法包括：获取待测对象的血液样本的循环肿瘤基因(ctDNA)测序结果；基于所述ctDNA测序结果，确定与每个位点相关联的突变碱基类型和突变频率，以便生成所述待测对象的突变位点信息；比较所述待测对象的突变位点信息和健康对象突变位点数据集，以便生成差异突变位点集合，所述健康对象突变位点数据集是基于多个健康对象的ctDNA测序结果而生成的；确定所述待测对象的点突变和短插入/缺失变异信息；以及利用所述差异突变位点集合，针对所确定的点突变和短插入/缺失变异信息进行过滤，以便确定用于检测肿瘤突变负荷的阳性突变位点的数量。

根据本发明的第二方面，还提供了一种计算设备，该设备包括：存储器，被配置为存储一个或多个计算机程序；以及处理器，耦合至存储器并且被配置为执行一个或多个程序使装置执行本公开的第一方面的方法。

根据本公开的第三方面，还提供了一种非瞬态计算机可读存储介质。该非瞬态计算机可读存储介质上存储有机器可执行指令，该机器可执行指令在被执行时使机器执行本公开的第一方面的方法。

提供发明内容部分是为了以简化的形式来介绍对概念的选择，它们在下文的具体实施方式中将被进一步描述。发明内容部分无意标识本公开的关键特征或主要特征，也无意限制本公开的范围。

附图说明

图1示出了根据本公开的实施例的用于实施检测肿瘤突变负荷的方法的系统100的示意图；

图2示出了根据本公开的实施例的用于检测肿瘤突变负荷的方法200的流程图；

图3示出了根据本公开的实施例的用于过滤点突变和短插入/缺失变异信息的方法300的流程图；

图4示出了根据本公开的实施例的用于确定预定突变频率阈值的方法400的流程图；