[发明专利]快速高效鉴别水稻光敏色素基因PHYB的分子标记引物及应用

权利要求书

1.一种快速高效鉴别水稻光敏色素基因PHYB的分子标记引物，具体为：

上游引物PHYB-Allele1：

5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCCCCAGCATCATGGACCC-3’；

下游引物PHYB-Allele2：

5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCCCCAGCATCATGGACCT-3’；

通用引物PHYB-common：

5’-AGAGGGTAGTACTTCCCATGGTAA-3’。

2.权利要求1所述的分子标记引物在鉴定水稻材料的PHYB基因型为野生型、突变型及杂合型中的应用。

3.权利要求1所述的分子标记引物在用于水稻PHYB突变基因导入系的世代群体分离筛选检测中的应用。

4.一种鉴定水稻PHYB基因型野生型、突变型及杂合型的方法，其特征是，包括以下步骤：

(1)利用权利要求1所述的上游引物PHYB-Allele1、下游引物PHYB-Allele2及通用引物PHYB-common对水稻基因组DNA进行PCR扩增；

(2)然后将PCR扩增产物转移至荧光扫描酶标仪，HEX、FAM和ROX三通道，检测荧光信号强度，最后将信号值采用SNP decoder软件分析，并用散点图格式输出，对产物进行基因分型；

(3)在散点图中，红色信号为突变型，蓝色信号为野生型，绿色信号为杂合体型。

5.如权利要求4所述的鉴定水稻PHYB基因型野生型、突变型及杂合型的方法，其特征是，所述PCR扩增采用的反应体系为：包含2条通用荧光引物的2×PARMS Pro PCR Mix：5μL，10mmol/L Allele1引物：0.15μL，10mmol/L Allele2引物：0.15μL，通用引物common：0.4μL；模板DNA：0.5μL；ddH₂O：3.8μL。

6.如权利要求4或5所述的鉴定水稻PHYB基因型野生型、突变型及杂合型的方法，其特征是，所述PCR扩增并扫描的反应程序为：94℃激活15min；94℃变性20s，65℃退火及延伸1min，扩增10个循环；94℃变性20s，57℃退火及延伸1min，扩增28～30个循环；25℃延伸1min；25℃荧光扫描，30s。

7.一种鉴定水稻PHYB基因型野生型、突变型及杂合型的方法，其特征是，利用如权利要求1所述的上游引物PHYB-Allele1、下游引物PHYB-Allele2及通用引物PHYB-common，以QuantStudio 5荧光定量PCR仪进行PCR扩增，Genotyping模采集FAM和HEX荧光信号值并自动基因分型。