[发明专利]利用提升列表操作质谱仪

说明书

描述了用于质谱法的实时搜索(RTS)。在一个方面，质谱仪可通过搜索质谱数据库来鉴别产物离子谱的候选肽。在执行所述质谱数据库的搜索时，生成代表所述产物离子谱与存储在所述质谱数据库中的理论质谱之间的匹配的置信度的候选肽得分。可基于所述候选肽的属性，将失败得分提升为通过结果。

技术领域

本公开涉及用于质谱法的设备和方法，并且更具体地说，涉及使用提升列表(promotion list)的搜索结果的质谱仪的数据依赖型操作。

背景技术

生物质谱的当前焦点是肽、蛋白质和相关分子的鉴别、定量和结构阐明。在此类实验中，通常需要或希望进行某些离子的受控片段化(fragmentation)(被称作串联或MSn质谱法)以得到产物离子，其质谱提供可高度适用于确认鉴别或导出关于所关注的分析物的结构细节的信息。MSn质谱法的一种常用方法称为数据依赖型采集(DDA，可替代地称作信息依赖型采集)。DDA技术利用一次质量分析扫描中获取的数据，基于预定准则自动选择用于质量分离和片段化的一种或多种离子物种。举例来说，质谱仪可配置成进行全MS(前体离子)扫描，并且然后基于如强度、电荷状态、质荷比(m/z)、纳入/排除列表或同位素模式的准则从所得谱选择一种或多种离子物种用于后续MSn分析扫描。DDA技术提供简化产物离子谱的益处(通过仅选择某些离子物种用于片段化，从而避免对包括由不同前体离子产生的产物离子的复杂产物离子谱进行解卷积的需要)，并且高效使用仪器时间(通过从MSn分析排除不符合预定准则且因此可能不受研究人员关注的离子)。

典型地通过对照包括使用已知肽氨基酸或遗传序列计算出的理论质谱的质谱数据库，或先前获取和整理(curated)的谱的经验库，搜索以实验方式获取的质谱来执行肽鉴别。历史上，在采集后，即在所有分析扫描已完成之后执行数据库搜索。最近(参见例如Erickson等人,“用于提高样品多路复用工作流的性能的主动仪器参与与实时数据库搜索的组合(Active Instrument Engagement Combined with a Real-Time Database Searchfor Improved Performance of Sample Multiplexing Workflows)”,《蛋白质组研究杂志(J.Proteome Research)》,第18卷,第1299-1306页(2019)，其公开内容以引用的方式并入本文中)，改进的搜索算法和更强大的处理器已使得能够实施质谱数据库的实时搜索(RTS)，其中可对照质谱数据库快速搜索实验质谱，并且可在相对于质谱仪内离子物种存在的持续时间(例如，色谱洗脱峰的持续时间)来说短的时间内(至少尝试性地)鉴别谱中存在的一种或多种肽离子。使用RTS，可基于涉及谱中肽离子鉴别的准则执行数据依赖型采集。在蛋白质组学实验的情形下，这种技术可能尤其有价值，在蛋白质组学实验中，样品含有所关注的肽和其它分子(例如，基质衍生的物质，以及可能不受关注的高丰度物种)的复杂混合物，允许研究人员增加在生物上重要的肽的MSn分析上花费的仪器扫描时间。

在RTS中，通过计算存储在质谱数据库中的理论或经验质谱的得分来鉴别以实验方式获取的质谱的肽。得分表示实验质谱与质谱数据库中的质谱有多相似。如果最高得分高于最小得分数(其可由操作员指定或设置为缺省值)，则将具有最高得分的质谱用作匹配，以确保某一匹配置信水平。因此，具有最高得分的质谱的对应肽可以是实验质谱的肽。如果肽是所关注的(例如，如由分析规则规定)，则可以对产物离子中的一种执行额外MS扫描(MS3)，以进行进一步分析。

在RTS的常规应用中，如果最高得分低于最小得分，则可得出结论，未以足够的置信度鉴别出匹配的肽。因此，可避免对产物离子进行额外MS扫描(MS3)，并且因此，不同的前体离子以不同方式被选择或片段化，形成用于分析的其它产物离子。